To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie ForceGen, której najnowszą wersję można pobrać jako ForceGenV0.4.jar. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie ForceGen z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
ForceGen
OPIS
Proszę cytować:ForceGen: wyprowadzenie stałej atomowej wiązania kowalencyjnego dla Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Journal of Molecular Modeling (2018), (24)5. DOI: 10.1007/s00894-017-3530-6
Film instruktażowy:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Ten plik wykonywalny Javy wyprowadza stałe siły wiązania drugiego rzędu dla rozciągnięcia wiązania i kąta wiązania z kwantowo-mechanicznych obliczeń Gaussa. Obliczenia są zgodne z rodziną pól siłowych Ambera lub dowolnymi polami siłowymi wywodzącymi się z tensora Hessego drugiego rzędu z fragmentów molekularnych. Dane wyjściowe zostały dostosowane do formatu topologii Gromacs.
Przykłady zastosowania obejmują wyprowadzenie stałych siły wiązania i wartości równowagi dla:
-związane metale w miejscach aktywnych białek
-modyfikowane aminokwasy
-małe cząsteczki/cząsteczki leku
Archiwum plików przykładowych można znaleźć, klikając link „Przeglądaj wszystkie pliki”.
Napisane przez dr Anthony'ego Nasha (Oxford)
Przy wsparciu dr Thomasa Colliera, prof. Helen Birch i
Korzyści
- Wyprowadzenie stałej siły rozciągania wiązania
- Wyprowadzenie stałej siły kąta wiązania
- Kompatybilność z topologią Gromacs
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.