Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie FusionCatcher, której najnowszą wersję można pobrać jako fusioncatcher_v1.33.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie FusionCatcher z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Łapacz Fuzji
Ad
OPIS
FusionCatcher wyszukuje nowe/znane somatyczne geny fuzyjne, translokacje i chimery w danych sekwencji RNA (odczyty sparowanych końców z platform Illumina NGS, takich jak Solexa i HiSeq) z próbek chorych.
Cele FusionCatcher to:
- bardzo dobra wykrywalność w poszukiwaniu kandydatów na geny fuzyjne,
- bardzo łatwy w użyciu (tj. do uruchomienia FusionCatchera nie jest wymagana znajomość a priori baz danych i bioinformatyki),
- bardzo dobre wykrywanie trudnych genów fuzyjnych, jak np. fuzje IGH, fuzje CIC, fuzje DUX4, fuzje CRLF2, fuzje TCF3 itp.
- być tak automatycznym, jak to tylko możliwe (tj. FusionCatcher automatycznie wybierze najlepsze parametry w celu znalezienia kandydatów na geny fuzyjne, np. automatyczne wyszukiwanie adapterów, automatyczne budowanie połączeń egzon-egzon na podstawie długości odczytów wejściowych itp.) zapewniając jednocześnie najlepszą możliwą szybkość wykrywania w celu znalezienia genów fuzyjnych.
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Python
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.