Jest to aplikacja na Linuksa o nazwie Grinder, którą można uruchomić online w Linuksie, a jej najnowszą wersję można pobrać jako Grinder-0.5.4.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Grinder, aby bezpłatnie korzystać z systemu Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Grinder do uruchomienia w Linuksie online
Ad
OPIS
Grinder to wszechstronne narzędzie bioinformatyczne typu open source do tworzenia bibliotek symulowanych strzelb omic i sekwencji amplikonów dla wszystkich głównych platform sekwencjonowania.Korzyści
- strzelba lub amplikon (np. 16S rRNA) odczytują biblioteki
- wsparcie omiczne w celu generowania zestawów danych genomicznych, transkryptomicznych, proteomicznych, metagenomicznych, metatranskryptomicznych lub metaproteomicznych
- dowolny rozkład długości odczytu i liczba odczytów
- symulacja błędów PCR i sekwencjonowania (chimery, mutacje punktowe, homopolimery)
- obsługa zestawów danych typu paired-end (para mate)
- określone ustawienia liczebności rang lub ręcznie podane liczebność dla każdego genomu, genu lub białka
- tworzenie zbiorów danych o zadanym bogactwie (alfa różnorodność)
- powiązane zbiory danych mogą dzielić zmienną liczbę genomów (różnorodność beta)
- modelowanie błędu systematycznego spowodowanego różnymi długościami genomu lub liczbą kopii genu
- mechanizm profilu do przechowywania preferowanych opcji
- dostępne dla biologów lub zaawansowanych użytkowników za pośrednictwem wielu interfejsów: GUI, CLI i API
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Perl
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
