Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie Hadoop-BAM, której najnowszą wersję można pobrać jako hadoop-bam-7.1.0.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Hadoop-BAM z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Hadoop-BAM
Ad
OPIS
Hadoop-BAM to biblioteka Java do manipulowania plikami w popularnych formatach bioinformatycznych przy użyciu frameworka Hadoop MapReduce z Picard SAM JDK i narzędziami wiersza poleceń podobnymi do SAMtools.
Obecnie obsługiwane formaty plików to BAM, SAM, FASTQ, FASTA, QSEQ, BCF i VCF.
Aby uzyskać dłuższy, wysokopoziomowy opis Hadoop-BAM, zapoznaj się z artykułem „Hadoop-BAM: direct manipulating next generation sekwencjonowanie danych w chmurze” w Bioinformatics Volume 28 Issue 6 pp. 876-877, dostępnym online pod adresem: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts054
Zwróć uwagę, że część biblioteczna Hadoop-BAM jest przeznaczona głównie dla programistów z doświadczeniem w korzystaniu z Hadoop. Narzędzia wiersza poleceń Hadoop-BAM powinny być zrozumiałe dla wszystkich użytkowników, ale ich zakres jest ograniczony.
Zobacz projekt SeqPig, aby uzyskać interfejs wyższego poziomu do formatów plików obsługiwanych przez Hadoop-BAM: http://seqpig.sourceforge.net
Zobacz Seal for Hadoop oparte na narzędziach do wyrównywania odczytu, Seal: http://biodoop-seal.sourceforge.net
Publiczność
Deweloperzy
Język programowania
Java
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/hadoop-bam/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.