To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie mitoMaker, której najnowszą wersję można pobrać jako mitoMaker_1.0rc2.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie mitoMaker z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
mitoMaker
OPIS
Mitomaker to opakowanie potoku, analizator wyników i automatyczny adnotator, napisany w Pythonie v2.7, który za pomocą innych programów buduje, analizuje, szuka najlepszej kompilacji i adnotuje docelowe genomy (takie jak mitochondria i kloplast). Może być używany z innymi celami, takimi jak określone geny lub transkryptomy, mimo że nie jest to jego główny cel ani dokładnie przetestowany.
Po różnych próbach zbudowania różnych genomów mitochondrialnych w laboratorium, które studiowałem, zaczął pojawiać się ogólny potok: zbierz odczyty za pomocą MIRA lub SOAPdenovo-Trans, poszukaj rusztowania/kontigu, które pasuje do blisko spokrewnionego gatunku, sprawdź, czy wszystkie obecne są oczekiwane cechy genomowe (ponieważ mitochondria są dobrze konserwowane), sprawdź, czy zespół mógł być kolisty (ponieważ jest to kolisty DNA). Jeśli brakowało jakiejś funkcji lub nie została ona zakreślona, spróbuj złożyć ponownie z innymi parametrami asemblera (głównie k-mer). Spłucz i powtarzaj, aż do znalezienia najlepszej kompilacji.
Zakładka Charakterystyka
- Bioinformatyka
- Plastid budujący zautomatyzowany rurociąg
- Analizator genomowy
- Zespół plastydowy
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Python
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/plastidmaker/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
