Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie Protospacer Workbench, której najnowszą wersję można pobrać jako Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie Protospacer Workbench z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Stół warsztatowy protospacerów
OPIS
Protospacer Workbench pomaga projektować, analizować i udostępniać miejsca docelowe CRISPR dla dowolnego organizmu lub zestawu sekwencji w formacie FASTA.Projektowanie przewodników RNA dla systemu edycji genomu CRISPR/Cas jest intuicyjnie łatwe, ale trudne obliczeniowo. Główna trudność wynika z konieczności zidentyfikowania potencjalnych obiektów odbiegających od celów, które mogą znacznie różnić się od zamierzonych. Obecne narzędzia online do projektowania przewodnika RNA zapewniają przyjazny dla użytkownika interfejs do oprogramowania do mapowania sekwencji, takiego jak Bowtie lub BLAST. Jednakże, chociaż te algorytmy mapowania są szybkie, nie zaprojektowano ich z dużą tolerancją na błędy, co jest cechą kluczową dla określenia potencjalnych celów poza celami. Tam, gdzie zawodzą narzędzia online, sprawdzają się narzędzia offline. Jednak narzędzia offline wymagają znajomości wiersza poleceń, którą posiada niewielu użytkowników CRISPR. Celem Protospacer Workbench jest wypełnienie luki pomiędzy projektowaniem przewodników RNA online i offline. Oprogramowanie jest obecnie dostępne dla systemu OS X i wkrótce zostanie przeniesione na inne systemy operacyjne.
Korzyści
- Szybko znajdź wszystkie dostępne cele CRISPR
- Dokładnie oceń projekty Guide-RNA
- Udostępniaj cele i listy przewodników RNA
- Projekt dla każdego organizmu
- Zarządzaj wieloma bazami danych
- Przebieg pracy krok po kroku
- Otrzymuj raporty na temat oczekiwanej wydajności przewodnika RNA
- Korzystaj z wielu narzędzi innych firm w jednym interfejsie
- Projekt wielocelowy
- Zarządzaj dużymi listami docelowego/przewodnikowego RNA
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
