Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie RNAseqR do działania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako RNAseqR_1.1.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie RNAseqR, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
RNAseqR do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
RNAseqR jest przeznaczony do analizy ekspresji danych RNA-seq i najlepiej nadaje się do analizy wielu niereplikowanych bibliotek. Jest to program zakodowany w C++, obecnie skompilowany dla systemów Linux.Dzięki interfejsom GUI i wiersza poleceń może wykonywać przekształcenia logów, PPM i/lub RPKM (jeśli podano długości), a także analizę statystyczną dla wyrażenia różnicowego przy użyciu funkcji ujemnego dwumianowego rozkładu skumulowanego (CDF) lub statystyki testu R wprowadzone do analizy EST przez Stekel, et al.
Dane wyjściowe umożliwiają podejmowanie decyzji na podstawie prawdopodobieństw CDF, najwyższych wartości R lub porównania wartości R z danymi randomizowanymi. Porównania są miarą wiarygodności według Stekela i in. lub obserwowanym względem oczekiwanego R przy danym średnim wyrażeniu. Randomizacja odbywa się poprzez rozkład Poissona, ujemny rozkład dwumianowy lub tasowanie kolumn.
Język programowania
C + +
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/rnaseqr/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
