To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie SnowyOwl, której najnowszą wersję można pobrać jako SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie SnowyOwl z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Śnieżna sowa
OPIS
SnowyOwl to potok przewidywania genów, który wykorzystuje dane RNA-Seq do trenowania i dostarczania wskazówek dotyczących generowania prognoz genów opartych na ukrytym modelu Markowa (HMM) oraz do oceny uzyskanych modeli. Potok został zweryfikowany i usprawniony poprzez porównanie jego przewidywań z ręcznie wyselekcjonowanymi modelami genów w trzech genomach grzybów, a jego wyniki wskazują na znaczny wzrost czułości i selektywności w porównaniu z poprzednimi przewidywaniami dotyczącymi genów. Czułość uzyskuje się poprzez wielokrotne uruchamianie predyktora genu HMM Augustus z różnymi parametrami wejściowymi, a selektywność poprzez wybór modeli o najlepszej homologii ze znanymi białkami i najlepszej zgodności z danymi RNA-Seq. SnowyOwl z powodzeniem przewidział geny w 26 nowych genomach grzybów.
Rurociąg można zainstalować lokalnie, aby uzyskać wysoką przepustowość i kontrolę nad konfiguracją. Można go również uruchomić na zdalnym serwerze za pośrednictwem wygodnego interfejsu internetowego do sporadycznego użytku.
Korzyści
- Przewidywanie genów przy użyciu danych RNA-Seq
- Wysoka czułość i specyficzność
- Pipeline usprawniony i zweryfikowany za pomocą ręcznie wybranych modeli genów
- Wysoce konfigurowalny
- Domyślna konfiguracja dla grzybów ascomycete i basidiomycete
- Instaluj i uruchamiaj lokalnie, aby uzyskać kontrolę i elastyczność
- Uruchom zdalnie przez interfejs sieciowy dla wygody
Publiczność
Nauka/badania, zaawansowani użytkownicy końcowi
Interfejs użytkownika
Internetowy, wiersz poleceń, GTK+
Język programowania
Pythona, PHP
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
