Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie Swift Sequence Alignment Program, której najnowszą wersję można pobrać jako Swift-0.11.2.tgz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie Swift Sequence Alignment Program z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Program szybkiego dopasowywania sekwencji
OPIS
Swift to program dopasowujący sekwencję DNA, który zapewnia dopasowanie z przerwami przy użyciu algorytmu Smitha-Watermana. Jako dane wejściowe pobiera plik zapytania (format FASTA) i plik referencyjny (format FASTA). Wyświetla nazwę referencyjną, nazwę odczytu, wyrównanie z przerwami, wynik wyrównania, pozycje początkowe i końcowe wyrównania oraz długość wyrównania.
Wygłosiłem wykład na temat Swifta podczas konferencji GPU Technology Conference 2012. Dostęp do wykładu można uzyskać pod adresem: http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Aby zainstalować i uruchomić Swift, odwiedź stronę Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Jeśli potrzebujesz dalszej pomocy w instalacji lub uruchomieniu Swifta, skontaktuj się z Pankajem Guptą pod adresem [email chroniony].
Korzyści
- Tworzy wyrównanie z przerwami przy użyciu algorytmu Smitha-Watermana
- Algorytm Smitha-Watermana działa na GPU (jednostce przetwarzania grafiki)
- Akceptuje plik do odczytu (format FASTA) i plik referencyjny (format FASTA) jako dane wejściowe
- Wyświetla nazwę odniesienia, nazwę odczytu, wyrównanie z przerwami, wynik wyrównania, pozycje początkowe i końcowe wyrównania oraz długość wyrównania
- Obsługuje odczyty Illumina (stała długość)
- Wymagania: system operacyjny Linux; 4 GB pamięci systemowej; Karta graficzna obsługująca CUDA; Zestaw narzędzi CUDA 4.2+; 6 GB pamięci globalnej; 49 KB pamięci współdzielonej
Publiczność
Nauka/Badania
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
