Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie TagGraph, której najnowszą wersję można pobrać jako WindowsDockerTG.1.8.1.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie TagGraph z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
TagGraf
OPIS
Chociaż spektrometria mas dobrze nadaje się do identyfikacji tysięcy potencjalnych modyfikacji potranslacyjnych białek (PTM), historycznie skupiała się na zaledwie kilku. Aby zmierzyć cały zestaw PTM w różnych proteomach, oprogramowanie musi pokonać podwójne wyzwania związane z pokryciem ogromnych przestrzeni poszukiwań i rozróżnieniem prawidłowych od nieprawidłowych interpretacji widma. W tym miejscu opisujemy TagGraph, narzędzie obliczeniowe, które pozwala pokonać oba wyzwania dzięki nieograniczonej metodzie wyszukiwania opartej na ciągach znaków, która jest aż 350 razy szybsza niż istniejące podejścia, oraz probabilistycznemu modelowi walidacji, który zoptymalizowano pod kątem przypisań PTM. Zastosowaliśmy TagGraph do opublikowanego zbioru danych proteomicznych człowieka zawierającego 25 milionów widm masowych i potroiliśmy pewność identyfikacji widma w porównaniu z pierwotną analizą. Zidentyfikowaliśmy tysiące typów modyfikacji w prawie 1 milionie miejsc w proteomie.Funkcje
- Definiowanie złożonych proteomów za pomocą sznurka
Publiczność
Wykształcenie
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Python
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/taggraph/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
