To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie Transcriptome Assembly ORA, której najnowszą wersję można pobrać jako saccharomyces_cerevisiae_3Mreads_ordered.sam.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Transkryptom montaż ORA z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Zespół transkryptomu ORA
Ad
OPIS
Oprogramowanie do rekonstrukcji transkryptomu opartej na referencjach. Wykonuje rekonstrukcję zaczynając od krótkich odczytów uzyskanych z RNA-seq. Najlepiej nadaje się do zarządzania transkryptomami niższych eukariotów o małej liczbie intronów na gen i może być również stosowany do prokariontów.
Potrzebuje pliku SAM z odczytami dopasowanymi do genomu odniesienia i (opcjonalnie) pliku gff z pozycją genów w genomie odniesienia.
Dostarcza na wyjściu pozycje zidentyfikowanych transkryptów, nazwy transkryptów oparte na genach obecnych w pliku gff oraz rozmiar regionów UTR.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Perl
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassemblyora/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.