To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie UniPyRange do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako UniPyRangeSuite.py. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie UniPyRange, aby działać w systemie Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
UniPyRange do uruchomienia w Linuksie online
OPIS
Bardzo prosty skrypt Pythona, który zaoszczędzi Ci trudu liczenia aminokwasów/zasad DNA w plikach fasta z bazy danych Uniprot i NCBI RefSeq (1, 2).Powiedzmy, że chcesz sekwencję aminokwasów z zakresu 128-387 z białka o długości 1000 aminokwasów - ten skrypt pomoże Ci uniknąć błędów w liczeniu pokazując tylko określoną sekwencję aminokwasów i kodując pary zasad DNA (idealny do projektowania starterów do amplifikacji ) o określonym identyfikatorze Uniprot.
- Wymaga BioPython (3) i Bioservices Package (4)
(1)
Konsorcjum UniProt
UniProt: centrum informacji o białkach
Kwasy nukleinowe Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: aktualizacja sekwencji referencyjnych ssaków. Kwasy nukleinowe Res. 2014 stycznia 1 r.;42(1):D756-63.
(3)
Kogut PJ i in. Bioinformatyka (2009)
(4)
Cokelaer i in., Bioinformatyka (2013)
Język programowania
Python
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.