Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie gsasnp2, działająca w systemie Windows online za pośrednictwem systemu Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie gsasnp2, która będzie działać bezpłatnie w systemie Windows online w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZRZUTY EKRANU
Ad
gsasnp2 do uruchomienia w systemie Windows online za pośrednictwem systemu Linux online
OPIS
* GSA-SNP2 jest następcą GSA-SNP (Nam et al. 2010, problem z serwerem WWW NAR). GSA-SNP2 akceptuje dane podsumowujące ludzkie GWAS (liczby rs, wartości p) lub wartości p z punktu widzenia genów i generuje zestawy genów szlaku „wzbogacone” genami powiązanymi z danym fenotypem. Zapewnia również lokalne i globalne sieci interakcji białek w powiązanych szlakach.* Artykuł: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, „Wydajne wzbogacanie ścieżek i analiza sieciowa danych podsumowujących GWAS przy użyciu GSA-SNP2”, Nucleic Acids Research, tom. 46(10), e60(2018).
* Identyfikator PubMed: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> PROSZĘ PRZENIEŚĆ LUB ZRÓB FOLDER „DANE” DO SWOJEGO FOLDERU INTENSYWNEGO TESTOWEGO (FOLDER OKREŚLONY W SYSTEMIE LINUX, MAC LUB WINDOWS), ABY UMOŻLIWIĆ PROGRAMOWI ZNAJDOWANIE WCZEŚNIEJ ZAPROJEKTOWANYCH DANYCH.
* AKTUALIZACJA UWAGA:
-> 7: dodaj aktualizację dla Ubuntu-2019. Będziesz potrzebował zainstalowanej biblioteki Boost (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> 7: zmiana terminów nagłówka w pliku wyjściowym
Funkcje
- 1/ „PODSTAWNA KONTROLA BŁĘDÓW TYPU I” osiągnięta przez następujące dwa procesy: A) Wyniki genów są „dostosowywane” do liczby SNP przypisanych do każdego genu przy użyciu krzywej trendu jednostajnego splajnu sześciennego. B) Usunięto sąsiadujące geny z wysokimi korelacjami między genami w obrębie każdej ścieżki
- 2/ „DUŻA MOC I SZYBKIE OBLICZANIE” na podstawie modelu zestawu losowego
- 3/ „BRAK KRYTYCZNEGO WOLNEGO PARAMETRU”
- 4/ "SIECI INTERAKCJI BIAŁKOWYCH" wśród genów członkowskich zostały zwizualizowane pod kątem istotnych ścieżek. Ta funkcja umożliwia użytkownikowi nadanie priorytetu podstawowym podsieciom w obrębie ważnych ścieżek i między nimi. Obecnie dostępne są sieci STRING i HIPPIE
- 5/ „ŁATWY W UŻYCIU”: Wymaga tylko danych podsumowujących GWAS (lub wartości p genów) i uzyskanie wyników zajmuje tylko minutę lub dwie. Inne potężne, samodzielne narzędzia ścieżki wymagają również danych wejściowych korelacji SNP i zajmują znacznie więcej czasu. Użytkownik może również przesłać własne zestawy genów szlaku i sieci interakcji białek.
Interfejs użytkownika
Win32 (MS Windows), wiersz poleceń
Język programowania
C++, PHP, JavaScript
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
