2ª pontuação - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

2ª pontuação - encontre o melhor grampo de cabelo ancorado em cada posição.

SINOPSE

2ª pontuação in.fasta> out.hairpins

DESCRIÇÃO

Para cada posição na sequência, isso gerará uma linha:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(pontuação) (início .. fim) (contexto à esquerda) (grampo de cabelo) (conteúdo à direita)

Para posições perto do final das sequências, o contexto pode ser preenchido com 'x'
personagens. Se nenhum grampo for encontrado, a pontuação será 'Nenhum'.

Vários arquivos fasta podem ser fornecidos e várias sequências podem estar em cada arquivo fasta. o
saída para cada sequência será separada por uma linha começando com '>' e contendo o
Descrição FASTA da sequência.

Porque as pontuações em grampo da fita positiva e da fita negativa podem ser diferentes (devido ao GU
ligação no RNA), por padrão, a 2ª pontuação gera dois conjuntos de hairpins para cada sequência: o
Grampos de cabelo PARA A FRENTE e os grampos de cabelo REVERSOS. Todos os hairpins para a frente são produzidos primeiro, e
são identificados pela palavra 'FORWARD' no final da linha '>' que os precede.
Da mesma forma, os hairpins REVERSE são listados após uma linha '>' terminando com 'REVERSE'. Se você
deseja pesquisar apenas uma ou outra vertente, você pode usar:

--no-fwd Não imprime os grampos FORWARD
--no-rvs Não imprime os grampos de cabelo REVERSOS

Você pode definir a função de energia usada, assim como com transterm com o --gc, --au, --gu,
--mm, - opções de gap. As opções --min-loop, --max-loop e --max-len também são suportadas.

FORMATO OF A .BOLSA ARQUIVOS
As colunas para os arquivos .bag são, na ordem:

1. nome_gene
2. terminador_start
3. terminador_end
4. pontuação_hairpin
5. pontuação final
6. terminator_sequence

7. terminator_confidence: uma combinação de hairpin e tail score que
leva em consideração a probabilidade de tais pontuações estarem em uma sequência aleatória. Esse
é a "pontuação" principal para o terminador e é calculada conforme descrito em
o papel.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: O número * aproximado * de base
pares entre o final do gene e o início do terminador. Esse
é aproximado de várias maneiras: primeiro, (e mais importante) TransTermHP
nem sempre usa as extremidades do gene real. Dependendo das opções que você dá
pode cortar algumas extremidades dos genes para lidar com terminadores que
se sobrepõem parcialmente aos genes. Em segundo lugar, onde o terminador "começa"
não é tão bem definido. Este campo destina-se apenas a uma verificação de integridade
(terminadores relatados como os melhores perto do fim dos genes não deveriam ser
_muito_ do fim do gene).

USANDO TRANSTER SEM GENOMA ANOTAÇÕES
O TransTermHP usa informações de genes conhecidos para apenas 3 coisas: (1) marcar o putativo
terminadores como "genes internos" ou "intergênicos", (2) escolhendo o fundo GC-
porcentagem de conteúdo para calcular as pontuações, porque os genes muitas vezes têm diferentes conteúdos de GC
do que as regiões intergênicas, e (3) produzindo uma saída ligeiramente mais legível. Itens (1)
e (3) não são realmente necessários, e (2) não tem efeito se seus genes tiverem aproximadamente o mesmo
Conteúdo GC como suas regiões intergênicas.

Infelizmente, o TransTermHP ainda não tem uma opção simples para ser executado sem uma anotação
(.ptt ou .coords) e requer que pelo menos 2 genes estejam presentes. A solução
é criar genes pequenos e falsos que flanqueiam cada cromossomo. Para fazer isso, faça um fake.coords
arquivo que contém apenas estas duas linhas:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

onde L é o comprimento da sequência de entrada e L-1 é 1 menor que o comprimento da entrada
seqüência. "chrom_id" deve ser a palavra logo após ">" no arquivo .fasta
contendo sua sequência. (Se, por exemplo, seu arquivo .fasta começou com "> seq1", então
chrom_id = seq1).

Isso cria uma anotação "falsa" com dois genes de 1 base flanqueando a sequência em um
arranjo cauda a cauda: -> <-. O TransTermHP pode então ser executado com:

transterm -p expterm.dat sequência.fasta falso.coords

Se o conteúdo G / C de suas regiões intergênicas for quase igual ao de seus genes, então este
não terá muito efeito nas pontuações que os exterminadores recebem. Por outro lado,
este uso do TransTermHP não foi testado muito, por isso é difícil garantir a sua
precisão.

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