Este é o comando abacas que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
abacas - Contiguação automática baseada em algoritmo de sequências montadas
SINOPSE
abacá -r ref -q qs -p prog [OPÇÕES]
OR
abacá -r ref -q psf -e
ref sequência de referência em um único arquivo fasta
qs contigs em formato multi-fasta
rog Programa MUMmer a ser usado: 'nucmer' ou 'promer'
psf arquivo de pseudomolécula / sequência ordenada em formato fasta
OPÇÕES
-h uso de impressão
-d usar parâmetros nucmer / promer padrão
-s comprimento mínimo int da palavra de correspondência exata (padrão do nucmer = 12, padrão do promer
= 4)
-m imprimir contigs ordenados para arquivo em formato multifasta
-b imprimir contigs em bin para arquivo
-N imprimir uma pseudomolécula sem "N" s
-i porcentagem de identidade interna mínima [padrão 40]
-v cobertura interna do contig mínimo [padrão 40]
-V diferença de cobertura mínima interna do contig [padrão 1]
-l comprimento mínimo contig int [padrão 1]
-t execute tblastx em contigs que não estão mapeados
-g string (nome do arquivo) imprime regiões descobertas (lacunas) na referência ao nome do arquivo
-a anexar contigs no compartimento à pseudomolécula
-o arquivos de saída de prefixo terão este prefixo
-P escolha conjuntos de primer para fechar lacunas
-f número interno de bases flanqueadoras em ambos os lados de uma lacuna para o design do primer (padrão
350)
-R int Execute o mummer [padrão 1, use -R 0 para evitar fugir do mummer]
-e Escapar da ordem do contig, ou seja, ir para o design do primer
-c A sequência de referência é circular
DESCRIÇÃO
ABACAS se destina a contiguar rapidamente (alinhar, ordenar, orientar), visualizar e projetar
primers para fechar lacunas em contigs montados com espingarda com base em uma sequência de referência.
ABACAS usa o MUMmer para encontrar as posições de alinhamento e identificar as sintaxes de contigs montados
contra a referência. A saída é então processada para gerar uma pseudomolécula tomando
contigs sobrepostos e lacunas na conta. ABACAS gera um arquivo de comparação que pode
ser usado para visualizar contigs ordenados e orientados no ACT. Synteny é representado por vermelho
barras onde a intensidade da cor diminui com valores mais baixos de identidade percentual entre
blocos comparáveis. Informações sobre contigs, como orientação, porcentagem de identidade,
a cobertura e a sobreposição com outros contigs também podem ser visualizadas carregando o
arquivo de recurso no ACT.
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