alistat - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

alistat - mostra estatísticas para um arquivo de alinhamento múltiplo

SINOPSE

Alistat [opções] arquivo de alinhamento

DESCRIÇÃO

Alistat lê um alinhamento de sequência múltipla do arquivo arquivo de alinhamento em qualquer suporte
formato (incluindo SELEX, GCG MSF e CLUSTAL) e mostra uma série de estatísticas simples
sobre isso. Essas estatísticas incluem o nome do formato, o número de sequências, o
número total de resíduos, a média e intervalo dos comprimentos de sequência, o alinhamento
comprimento (por exemplo, incluindo caracteres de lacuna).

Também são mostradas algumas identidades percentuais. Um percentual de identidade de alinhamento em pares é definido
as (identidades / MIN (len1, lente2)) onde idents é o número de identidades exatas e len1,
Len2 são os comprimentos desalinhados das duas sequências. A "identidade percentual média", "mais
par relacionado "e" par mais não relacionado "do alinhamento são a média, o máximo e
mínimo de todos os pares (N) (N-1) / 2, respectivamente. O "seq mais distante" é calculado por
encontrar a identidade de pares máxima (melhor relativo) para todas as N sequências e, em seguida, encontrar
o mínimo desses N números (portanto, a sequência mais remota).

OPÇÕES

-a Mostrar informações detalhadas adicionais: uma tabela com uma linha por sequência mostrando
nome, comprimento e sua identidade de pares mais alta e mais baixa. Essas linhas são
prefixado com um caractere * para ativar facilmente grep 'separá-los e classificá-los.
Por exemplo, Alistat -a foo.slx | grep * | tipo -n +3 dá uma lista de classificação do
sequências mais distantes no alinhamento. Incompatível com o -f opção.

-f Rápido; use um método de amostragem para estimar a% id média. Quando esta opção é
escolhido, Alistat não mostra os outros três números de identidade de pares. Esse
opção é útil para alinhamentos muito grandes, para os quais o cálculo completo (N) (N-1)
de todos os pares seria proibitivo (por exemplo, o alinhamento GP120 da Pfam, com mais de 10,000
sequências). Incompatível com o -a opção.

-h Imprima uma breve ajuda; inclui o número da versão e um resumo de todas as opções, incluindo
opções de especialistas.

-q fique quieto - suprima o cabeçalho detalhado (nome do programa, número e data de lançamento, o
parâmetros e opções em vigor).

-B (Babelfish). Autodetectar e ler um formato de arquivo de sequência diferente do padrão
(FASTA). Quase qualquer formato de arquivo de sequência comum é reconhecido (incluindo Genbank,
EMBL, SWISS-PROT, PIR e formatos de sequência não alinhada GCG, e Estocolmo, GCG MSF,
e formatos de alinhamento Clustal). Veja a documentação impressa para uma lista completa
de formatos suportados.

EXPERT OPÇÕES

--informar
Especifique se o arquivo de sequência está em formato , em vez do FASTA padrão
formato. Exemplos comuns incluem Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
ou PHYLIP; consulte a documentação impressa para uma lista completa dos formatos aceitos
nomes. Esta opção substitui o formato padrão (FASTA) e o -B babelfish
opção de autodetecção.

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