autodocktools - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

adt - AutoDockTools, uma interface gráfica para AutoDock

SINOPSE

runAdt [opções]

DESCRIÇÃO

Esta página do manual é uma tradução quase literal da saída fornecida por runAdt -h
comando.

OPÇÕES

Um resumo das opções está incluído abaixo. Para uma descrição completa, consulte o
tutoriais e documentação que está disponível online.

-h, --Socorro
Mostra o resumo das opções.

-a or --novamente
reproduzir o arquivo lastlog

--overwriteLog
sobrescrever arquivo de log

--uniqueLog
crie um arquivo de registro com um nome único

--noLog
desligue o registro

--noSplash
desligue a tela inicial

--morrer não inicie o loop de eventos da GUI

--personalizador lima
execute o arquivo especificado pelo usuário

--lib nome do pacote
adicione uma biblioteca de comandos

-v r, --visão corrida
executar redes de visão na linha de comando

-v o, --visão uma vez
executar redes de visão e sair do ADT

-d or --dmode modos
especificar um modo de exibição
modos podem ser qualquer uma combinação de modo de exibição
'cpk': cpk
'linhas': linhas
'ss': fita de estrutura secundária
'sb': paus e bolas
'lic': alcaçuz
'ms': superfície molecular
'ca': traço C-alfa
'bt': traço de backbone
'sp': CA-spline
'sssb': estrutura secundária para proteínas, paus e bolas para
outros resíduos com linhas de ligação para outros resíduos sem ligações

-c or --cmodo modos
especifique um esquema de cores do modo de exibição:
'ca': cor por átomo
'cr': cor por resíduo (esquema RASMOL)
'cc': cor por cadeia
'cm': cor por molécula
'cdg': cor usando o esquema de David Goodsell
'cs': resíduos de cor usando esquema Shapely
'css': cor por elemento de estrutura secundária

EXEMPLO:

exibir proteína como fita, não proteína como palitos e bolas e cor por tipo de átomo

adt -i --dmode sssb --cmode cr meuprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr meuprot.pdb

Use autodocktools online usando serviços onworks.net