bowtie - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

bowtie - alinhador de leitura curta com memória ultrarrápida e eficiente

DESCRIÇÃO

Uso: gravata borboleta [opções] * {-1 -2 | - 12 | } [ ]

Lista separada por vírgulas de arquivos contendo mates upstream (ou as sequências
eles próprios, se -c está definido) emparelhado com companheiros em

Lista separada por vírgulas de arquivos contendo mates downstream (ou as sequências
se se -c está definido) emparelhado com companheiros em

Lista separada por vírgulas de arquivos contendo leituras no estilo Crossbow. Pode ser uma mistura de
emparelhado e não emparelhado. Especifique "-" para stdin.

Lista separada por vírgulas de arquivos contendo leituras desemparelhadas ou as sequências
eles próprios, se -c está definido. Especifique "-" para stdin.

Arquivo para gravar hits (padrão: stdout)

Entrada:
-q os arquivos de entrada de consulta são FASTQ .fq / .fastq (padrão)

-f os arquivos de entrada de consulta são (multi-) FASTA .fa / .mfa

-r arquivos de entrada de consulta são uma sequência bruta por linha

-c sequências de consulta fornecidas na linha cmd (como , )

-C as leituras e o índice estão no espaço de cores

-Q/ - quals
Arquivo (s) QV correspondente (s) às entradas CSFASTA; usar com -f -C

--T1/ - Q2
mesma -Q, mas para os arquivos mate 1 e 2, respectivamente

-s/--pular
pule o primeiro lê / pares na entrada

-u/ - qupto
pare depois de primeiro leituras / pares (excl. leituras ignoradas)

-5/ - trim5
aparar bases de 5 '(esquerda) final das leituras

-3/ - trim3
aparar bases da extremidade 3 '(direita) das leituras

--phred33-quals
os quals de entrada são Phred + 33 (padrão)

--phred64-quals
quals de entrada são Phred + 64 (o mesmo que --solexa1.3-quals)

--solexa-quals
os quals de entrada são da versão GA Pipeline. <1.3

--solexa1.3-qualificado
os quals de entrada são da versão GA Pipeline. > = 1.3

--inteiro-quals
qualidades são fornecidas como inteiros separados por espaço (não ASCII)

--grande-índice
forçar o uso de um índice 'grande', mesmo se um pequeno estiver presente

Alinhamento:
-v
relatar ocorrências ponta a ponta com incompatibilidades <= v; ignorar qualidades

or

-n/ - seedmms máximas incompatibilidades na semente (pode ser 0-3, padrão: -n 2)

-e/ - maqerr
soma máxima de quals incompatíveis no alinhamento para -n (Def: 70)

-l/ - seedlen comprimento de semente para -n (padrão: 28)

--nomaqround
desabilitar o arredondamento de qualidade semelhante ao Maq para -n (10 mais próximo <= 30)

-I/ - minins
tamanho mínimo de inserção para alinhamento de extremidades emparelhadas (padrão: 0)

-X/ - maxins
tamanho máximo de inserção para alinhamento de extremidades emparelhadas (padrão: 250)

--fr/ - rf / - ff -1, -2 mates alinham fw / rev, rev / fw, fw / fw (padrão: --fr)

--agora/ - norc
não alinhe para frente / complemento reverso da fita de referência

--maxbts
max # backtracks para -n 2/3 (padrão: 125, 800 para --melhor)

--pares
número máximo de tentativas para encontrar o companheiro para o golpe de âncora (padrão: 100)

-y/--tentar muito
tente encontrar alinhamentos válidos, em detrimento da velocidade

--chunkmbs
máximo de megabytes de RAM para os melhores quadros de pesquisa (padrão: 64)

Relatório:
-k
relatar até bons alinhamentos por leitura (padrão: 1)

-a/--tudo
relatar todos os alinhamentos por leitura (muito mais lento do que baixo -k)

-m
suprimir todos os alinhamentos se> existe (definição: sem limite)

-M
como -m, mas relata 1 acerto aleatório (MAPQ = 0); requer --melhor

--melhor acertos garantidos de melhor estrato; laços quebrados por qualidade

--estratos
hits em estratos abaixo do ideal não são relatados (requer --melhor)

Saída:
-t/--Tempo
imprimir o tempo gasto nas fases de pesquisa

-B/--fora da base deslocamento de referência mais à esquerda = na saída do BowTie (padrão: 0)

--quieto
imprima nada além dos alinhamentos

--refout
escrever alinhamentos nos arquivos refXXXXX.map, 1 mapa por referência

--refixx
consulte a ref. seqs por índice baseado em 0 em vez de nome

--al
escrever leituras / pares alinhados em arquivo (s)

--un
escrever leituras / pares desalinhados em arquivo (s)

--máx.
escrever leituras / pares -m limite de arquivo (s)

--suprimir
suprime as colunas fornecidas (delimitadas por vírgulas) na saída padrão

--fullref
escreva o nome completo da referência (padrão: apenas até o primeiro espaço)

Espaço colorido:
--snpphred
Penalidade de Phred para SNP ao decodificar o espaço de cores (padrão: 30)

or

--snpfrac
Aproximadamente. fração de bases SNP (por exemplo, 0.001); conjuntos --snpphred

--col-cseq
imprimir sequências de espaço de cores alinhadas como cores, não bases decodificadas

--col-cqual
imprimir quals do espaço de cores original, não quals decodificados

--col-keepends
manter os nucleotídeos nas extremidades do alinhamento decodificado

Sam:
-S/ - sam
escrever hits no formato SAM

--mapq
qualidade de mapeamento padrão (MAPQ) para imprimir para alinhamentos SAM

--sam-nohead
suprimir linhas de cabeçalho (começando com @) para a saída do SAM

--sam-nosq
suprimir linhas de cabeçalho @SQ para saída SAM

--sam-RG
adicionar (geralmente "lab = value") para a linha @RG do cabeçalho SAM

Atuação:
-o/ - offrate anular a taxa de índice; deve ser> = taxa de deslocamento do índice

-p/--tópicos número de threads de alinhamento a serem lançados (padrão: 1)

--milímetros use E / S mapeada em memória para índice; muitos 'gravatas-borboleta podem compartilhar

--shmem
use mem compartilhada para índice; muitos 'gravatas-borboleta podem compartilhar

De outros:
--semente
semente para gerador de número aleatório

--verbose
saída detalhada (para depuração)

--versão
imprimir informações da versão e sair

-h/--ajuda
imprimir esta mensagem de uso

64 bits construído em lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:48 UTC 2015 Compiler: gcc versão 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opções: -O3 -Wl, - estilo hash = ambos -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protetor-forte -Wformato -Erro=formato-segurança -g -O2 -fstack-protetor-forte
-Wformato -Erro=formato-segurança -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

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