Este é o comando bp_fetchp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bp_fetch.pl - busca sequências de bancos de dados indexados por bioperl
SINOPSE
bp_fetch.pl suíço: ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net :: genbank: JX295726
bp_fetch.pl net :: genpept: ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace :: myserver.somewhere.edu, 21000: X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG suíço: ROA1_HUMAN
DESCRIÇÃO
Busca sequências usando os sistemas de acesso do banco de dados no Bioperl. O uso mais comum disso é
para bp_fetch sequências de índices bioperl construídos usando bpindex.pl, ou para buscar sequências
do site do NCBI
O formato para recuperar sequências é delibradamente como o formato GCG / EMBOSS como o
A seguir:
db: nome
com o potencial de colocar em um tipo de banco de dados 'meta', sendo
meta :: db: nome
A meta informação pode ser um de três tipos
local - banco de dados de arquivo simples indexado local
net - http em rede: banco de dados baseado
ace - banco de dados ACeDB
Esta informação é padronizada para 'local' para nomes de banco de dados sem informações de meta db
OPÇÕES
-fmt - Formato de saída
Fasta (padrão), EMBL, Raw, swiss ou GCG
-acc - string é um número de acesso, não um
id.
opções apenas para uso especializado
-dir - diretório para encontrar os arquivos de índice
(substitui BIOPERL_INDEX variável de ambiente)
-modelo - tipo de arquivo DBM a ser aberto
(substitui a variável de ambiente BIOPERL_INDEX_TYPE)
MEIO AMBIENTE
bp_index e bp_fetch coordenam onde estão os bancos de dados usando a variável de ambiente
BIOPERL_INDEX. Isso pode ser substituído usando a opção -dir. O tipo de índice (SDBM ou
DB_File ou outro arquivo de índice) é controlado pela variável BIOPERL_INDEX_TYPE. Esse
o padrão é SDBM_File
USANDO IT VOCÊ MESMO
bp_fetch é um wrapper em torno dos módulos bioperl que suportam o Bio :: DB :: BioSeqI
interface abstrata. Esses incluem:
Código do Autor
James Gilbert - indexador Fasta, indexador abstrato
Aaron Mackay - acesso ao GenBank e GenPept DB
Ewan Birney - indexador EMBL .dat
Muitas pessoas - código SeqIO
Esses módulos podem ser usados diretamente, o que é muito melhor do que usar este script como um sistema
chamada ou um cachimbo para ler. Leia o código-fonte de bp_fetch para ver como ele é usado.
EXTENSÍVEL IT
bp_fetch usa vários módulos diferentes para fornecer acesso aos bancos de dados. Qualquer módulo
que assina a interface Bio :: DB :: BioSeqI pode ser usado aqui. Para arquivo simples
indexadores, isso é feito melhor estendendo Bio :: Index :: Abstract, como é feito em
Bio :: Index :: EMBL e Bio :: Index :: Fasta. Para acessar outros bancos de dados, você precisará
role sua própria interface.
Para novos formatos de saída, você precisa adicionar um novo módulo SeqIO. A coisa mais fácil é olhar
em Bio :: SeqIO :: Fasta e descubra como hackear para o seu próprio formato (chame de algo
diferente, obviamente).
COMENTÁRIOS
Correspondência listas
O feedback do usuário é parte integrante da evolução deste e de outros módulos Bioperl. Mandar
seus comentários e sugestões preferencialmente para o mailing list Bioperl. Sua participação
é muito apreciado.
[email protegido] - Discussão geral
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Relatórios Erros
Reportar bugs ao sistema de rastreamento de bugs Bioperl para nos ajudar a acompanhar os bugs e seus
resolução. Relatórios de bugs podem ser enviados pela web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Use bp_fetchp online usando serviços onworks.net
