Este é o comando bp_indexp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bp_index.pl - indexa arquivos para uso por bp_fetch.pl
SINOPSE
bp_index.pl index_name arquivo1 arquivo2 etc.
DESCRIÇÃO
bp_index.pl constrói um índice bioperl para os arquivos de sequência fornecidos na lista de argumentos,
sob o nome do índice. Por exemplo
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
construiria um índice chamado 'nrdb' como o nome do índice para o arquivo nrdb.fasta, e
bp_index.pl -fmt EMBL suíço /data/swiss/*.dat
construiria um índice chamado swiss para todos os arquivos em /data/swiss que terminam em .dat que
estão no formato EMBL.
Os índices são construídos usando os módulos Bio/Index/*, em particular, Bio::Index::EMBL e
os módulos Bio::Index::Fasta. Qualquer script que use esses módulos pode usar o índice. A
um bom exemplo de script é bp_fetch, que busca sequências e as canaliza para STDOUT, por
exemplo
bp_fetch suíço:ROA1_HUMAN
obtém a sequência ROA1_HUMAN do índice suíço e a grava no formato fasta em STDOUT.
OPÇÕES
-fmt - Fasta (padrão), suíço ou EMBL
-dir - diretório onde os arquivos de índice são encontrados
(substitui a variável de ambiente BIOPERL_INDEX)
Opções para uso especializado
-type - tipo de arquivo DBM.
(substitui a variável de ambiente BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - relata cada adição de índice (depuração)
MEIO AMBIENTE
bp_index e bp_fetch coordenam onde os bancos de dados estão usando a variável de ambiente
BIOPERL_INDEX. Isso pode ser substituído usando a opção -dir. Não há valor padrão, então
você deve usar a opção -dir ou configurar BIOPERL_INDEX.
O tipo de banco de dados é coordenado com BIOPERL_INDEX_TYPE que, se não estiver lá, o padrão é
quaisquer que sejam os módulos bioperl instalados, cujo padrão é SDBM_File.
USANDO IT VOCÊ MESMO
bp_index.pl é um script que orienta os módulos Index. Se você quiser usar este script
fortemente em seu trabalho, se for baseado em Perl, é quase certamente melhor olhar para o
código neste script e copie-o (provavelmente você desejará usar
o código bp_fetch).
EXTENSÍVEL IT
bp_index é apenas um invólucro dos excelentes módulos de índice de James Gilbert encontrados no bioperl
COMENTÁRIOS
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AUTOR - Ewan Birney
Ewan Birney<[email protegido]>
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