Este é o comando bp_run_protdist.plp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
run_neighbor - execute o programa 'protdist' do Phylip através do Bioperl
SINOPSE
run_protdist [-i arquivo de entrada] [-o nome do arquivo de saída]
DESCRIÇÃO
Fornece um arquivo de alinhamento para executar o protdist. O arquivo deve ser nomeado .aln ou .phy.
Isso é necessário para que possamos determinar se precisamos converter um alinhamento de clustalw em
phylip. Você está convidado a estender o script para trabalhar em outros formatos MSA que bioperl
apoia. Destina-se a ser usado em pipelines manuais muito simples.
O arquivo de entrada deve ser nomeado na forma de file.phy ou file.aln, o programa espera um
arquivo no formato (\ S +) \. (\ S +).
Isso irá executar o aplicativo 'protdist' usando a fórmula 'KIMURA' para construir uma proteína
matriz de distância. Aqueles com phylip3.6 vão querer fazer algumas mudanças se quiserem usar
JTT. Fico feliz em ajudar a adicionar isso como um argumento de linha de cmd se for solicitado.
Use bp_run_protdist.plp online usando serviços onworks.net
