Este é o comando bp_sreformatp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bpsreformat - converte formatos de sequência
DESCRIÇÃO
Este script usa o sistema SeqIO que permite a conversão de formatos de sequência também
dados de sequência ou dados de alinhamento de sequência múltipla. O nome vem do fato de que Sean
O programa sreformat de Eddy (parte do pacote HMMER) já faz isso. O programa de Sean tenta
para adivinhar os formatos de entrada enquanto em nosso código, atualmente exigimos que você especifique qual o
formatos de entrada e saída são e se os dados são de um alinhamento de sequência múltipla ou de
arquivos de seqüência direta.
Uso:
bpsreformat -if INFORMAT -de OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h / - help Imprime esta ajuda
-if / - informat Especifique o formato de entrada
-of / - outformat Especifique o formato de saída
-i / - input Especifique o nome do arquivo de entrada
(para passar dados no STDIN, use o sinal de menos como nome do arquivo)
-o / - output Especifique o nome do arquivo de saída
(para transmitir dados em STDOUT, use o sinal de menos como nome de arquivo)
--msa Especifica que se trata de dados de alinhamento de sequência múltipla
--special Passará parâmetros especiais para o AlignIO / SeqIO
objeto - a maioria deles é para objetos Bio :: AlignIO
Lista separada por vírgulas dos seguintes
nointerleaved - para formato phylip, não intercalado
idlinebreak - para phylip, torna-o formato molphy
percentagens - para clustalw, mostra% id por linha
Use bp_sreformatp online usando serviços onworks.net
