Este é o comando ChimeraSlayer que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
quimeraslayer - detecta quimeras prováveis em DNA amplificado por PCR
DESCRIÇÃO
ChimeraSlayer é um utilitário de detecção de sequência quimérica, compatível com quase-full length
Sequências Sanger e sequências 454-FLX mais curtas (~ 500bp).
Chimera Slayer envolve a seguinte série de etapas que operam para sinalizar 16S quimérico
Sequências de rRNA:
1. as extremidades de uma sequência de consulta são pesquisadas em um banco de dados de referência incluído
sequências 16S livres de quimera para identificar pais em potencial de uma quimera
2. Os pais candidatos de uma quimera são selecionados como aqueles que formam uma melhor ramificação
alinhamento de pontuação com a sequência de consulta formatada por NAST
3. o alinhamento NAST da sequência de consulta é melhorado em um perfil 'ciente da quimera' -
realinhamento NAST baseado nas sequências principais de referência selecionadas
4. uma estrutura evolutiva é usada para sinalizar sequências de consulta encontradas para exibir maior
homologia de sequência com uma quimera in silico formada entre quaisquer dois dos
sequências parentais de referência.
Para executar o Chimera Slayer, você precisa de sequências formatadas em NAST geradas pelo nast-ier
utilidade.
ChimeraSlayer faz parte do pacote microbiomeutil.
OPÇÕES
Exigido
--consulta_NAST
arquivo multi-fasta contendo sequências de consulta em formato de alinhamento
comum opções
--db_NAST
db no formato NAST (padrão:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
db em formato fasta (formatado em megablast) (padrão:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
-n número das principais sequências de banco de dados correspondentes para comparar (padrão 15)
-R razão de divergência mínima padrão: 1.007
-P min por cento de identidade entre sequências correspondentes (padrão: 90)
Parâmetros Técnicos para afinação Seletor ChimeraParent:
Parâmetros de pontuação:
-M pontuação da partida (padrão: +5)
-N penalidade de incompatibilidade (padrão: -4)
-Q cobertura mínima da consulta combinando a sequência do banco de dados (padrão: 70)
-T travessias máximas do alinhamento múltiplo (padrão: 1)
Parâmetros Técnicos para afinação QuimeraPhyloChecker
--tamanho da janela
padrão 50
--windowStep
padrão 5
--minBS
suporte mínimo de bootstrap para chamar quimera (padrão: 90)
--num_BS_replicates
padrão: 100
--low_range_finer_BS
(padrão: 10) Se o BS calculado estiver entre minBS e (minBS - low_range_finer_BS),
então num_finer_BS_replicates computados.
--num_finer_BS_replicates
(padrão: 1000)
-S porcentagem de SNPs para amostrar em cada lado do ponto de interrupção para bootstrap de computação
suporte (padrão: 10)
--num_parents_test
número de pais em potencial para testar quimeras (padrão: 3)
--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
Os alinhamentos quimera / pai com perID acima deste são considerados não quimeras
(padrão 100; desligado)
misc opções
--printFinalAlignments
mostra o alinhamento entre a sequência de consulta e o par de pais quimera candidatos
--printCSalignments
imprimir alinhamentos ChimeraSlayer na saída ChimeraSlayer
--exec_dir
chdir até aqui antes de correr
Use o ChimeraSlayer online usando os serviços onworks.net
