circos - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

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| | ___ | | | | (_ | (_) \ __ \
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rodada é boa

circos - gerar gráficos de informações compostas circularmente

SINOPSE

# adivinha a localização do arquivo de configuração
circo

# use um arquivo de configuração específico
circos -conf circos.conf [-silencioso]

# diagnose módulos necessários
circos-módulos

# página man
circos-homem

# depuração detalhada para componentes de código
# Vejo http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1, [GROUP2, ...]

# depuração completa
circos -debug_group _all

# despejo de configuração de um bloco (ou árvore de blocos) de
# quaisquer parâmetros que correspondam a REGEXP (opcional)
circos -cdump [BLOCK1 / [BLOCK2 / ...]] {: REGEXP}

# substituindo os parâmetros de configuração
circos -param imagem / raio = 2000p -param ideograma / mostrar = não

# por diversão - escolha aleatoriamente todas as cores da imagem, exceto
# COLOR1 e COLOR2
circos -randomcolor COLOR1, [COLOR2, ...]

DESCRIÇÃO

Circos é para visualizar dados em um layout circular, ideal para explorar relacionamentos
entre objetos ou posições. Existem outras razões pelas quais um layout circular é
vantajoso, sendo o menos importante o fato de ser atraente.

Circos não é uma solução. É uma ferramenta para resolver problemas de visualização. Para um dado
problema, você não tem a garantia de que seja apropriado.

Você tem um controle preciso sobre como cada elemento de dados é exibido, ajudando você a combinar
relevância para a pertinência.

CONFIGURAÇÃO

As configurações devem ser passadas usando um arquivo de configuração de texto simples. Este arquivo pode ser
criado manualmente ou por outro script, o que permite que Circos seja totalmente automatizado.

Para obter a documentação completa, consulte

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Sintaxe
A configuração é em texto simples e composta por blocos hierárquicos. Alguns blocos, como
" são obrigatórios, enquanto outros, como " são opcionais.

Para começar, consulte o tutorial do guia rápido.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Um arquivo de configuração típico pode ser parecido com este

# tamanho e formato da imagem

...


# posição e tamanho dos ideogramas

...


# posição, tipo e formato das trilhas de dados


...

...


# cores, fontes e padrões de preenchimento
< >

# parâmetros do sistema
< >

Modularidade
O "< > diretiva importa um arquivo de configuração para outro. Esse
facilidade ajuda a manter os arquivos de configuração modulares.

Definições de parâmetros que não mudam com frequência, como definições de cor e fonte,
são convencionalmente importados de arquivos encontrados em etc / na distribuição.

Nos tutoriais, você descobrirá que o " e " blocos são importados para
o arquivo de configuração principal. Como esses blocos podem ficar muito grandes, o principal
arquivo de configuração é mais legível se eles forem relegados a arquivos separados.

Substituindo com *
Para substituir um parâmetro que foi incluído em um arquivo, use o sufixo "*". O sufixo
é necessário porque várias definições de um parâmetro não são permitidas, exceto em casos
onde um parâmetro é pode ter mais de um valor.


# arquivo incluído define 'radius'
< >
# isso substituirá o valor do raio
raio * = 2500p


O sufixo "*" pode ser repetido para especificar qual valor tem precedência em um bloco.

raio = 1500p
raio * = 2500p
raio ** = 3000p # esta instância de raio será usada

Substituindo com Command Line
Qualquer parâmetro de configuração em um nome de bloco único pode ser especificado na linha de comando
utilização

-param PATH / PARAM = valor

Por exemplo,


mostrar = não
...


-param ideograma / show = no

e



padrão = 0.01r

...


-param ideograma / espaçamento / padrão = 0.01r

Quando conf () é usado no arquivo de configuração para recuperar o valor de um parmaperímetro (qualquer
parâmetro, não apenas aqueles definidos por -param), você obtém um sistema flexível para alterar o
configuração na linha de comando.

espécie = humano
cariótipo = data / cariótipo / cariótipo.conf (espécie) .txt

-param species = rato

Vários parâmetros podem ser redefinidos, cada um com seu próprio sinalizador "-param"

-param show_ticks = no -param image / radius = 2000p

Mesclando Blocos
Várias instâncias dos blocos a seguir são mescladas automaticamente: " ,
" , " , " , " , " , " e " .

O objetivo disso é permitir que você adicione definições canônicas.

# este arquivo define o padrão , e
< >

# adicionar ao bloco de cores

minha cor = 150,25,25

OPÇÕES

Configuração
-configfile ARQUIVO
Nome do arquivo de configuração. Isso é obrigatório.

Circos tentará adivinhar a localização deste arquivo, procurando por "circos.conf" em
".", "..", e "../ ..".

saída Formato
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Alterna a saída de arquivos PNG e SVG.

Imagem elementos
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Substitua a exibição de carrapatos e seus rótulos. Ambos são geralmente definidos no
bloquear.

saída Caminhos
-outputdir DIR, -dir DIR
-arquivo de saída ARQUIVO, -arquivo ARQUIVO
Altere o diretório de saída e o nome do arquivo. O FILE pode conter um caminho.

depuração
-depurar
Ative a saída de depuração básica. Informa informações de

imagem, io, camada, resumo, cronômetro

grupos de depuração (veja abaixo).

-debug_group {+ -} GROUP1, [{+ -} GROUP2, ...]
Ative a saída de depuração para grupos específicos. Para obter uma lista de grupos, consulte

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Para adicionar um grupo à saída, prefixe-o com +. Para removê-lo, com -.

# usa grupos de depuração padrão, mas exclui camada e io
-debug -debug_group -layer, -io

# use grupos de depuração padrão e adicione espaçamento
-debug -debug_group + espaçamento

# especificar explicitamente os grupos
-debug_group png, io, timer

Para listar os grupos que são suportados, use a bandeira sem um argumento

-debug_group

-Tempo
Reportar informações de tempo. O mesmo que -debug_group + timer

- silencioso
Não gere relatórios.

-paranóide, -noparanóide
Execute no modo paranóico (padrão) ou não. O padrão para esta configuração é definido por
'paranoid' em etc / housekeeping.conf.

-avisos, -avisos
Exibir avisos ou não (padrão). O padrão para esta configuração é definido por
'avisos' em etc / housekeeping.conf.

-fakeerror = item -fakeerror CAT = item -fakeerror, ID = item -fakeerror CAT, ID
Falsifique um erro exibindo a mensagem de erro para a categoria CAT e o ID do nome do erro. Se
um ou nenhum é especificado, lista os erros disponíveis.

A menos que você realmente goste de ver mensagens de erro, deve haver poucos motivos para você
quer usar isso.

Uso
-versão
Mostra a versão.

-Socorro
Mostra uma breve sinopse de uso.

-homem
Mostrar página de manual.

brincadeira AROUND
-randomcolor [color1, color2, ...]
Randomize a cor de cada elemento na imagem, exceto para uma lista opcional de
cores.

Por exemplo, para manter o fundo branco e tudo o que é preto,

- cor aleatória branco, preto

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