cleanasn - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

cleanasn - limpar irregularidades em objetos NCBI ASN.1

SINOPSE

limpar [-] [-A nome do arquivo] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L nome do arquivo] [-M nome do arquivo]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i nome do arquivo] [-j nome do arquivo] [-k nome do arquivo] [-m str] [-n caminho]
[-o nome do arquivo] [-p caminho] [-q caminho] [-r caminho] [-v caminho] [-x ext]

DESCRIÇÃO

limpar é um programa utilitário para limpar irregularidades em objetos NCBI ASN.1.

OPÇÕES

Um resumo das opções está incluído abaixo.

- Imprimir mensagem de uso

-A nome do arquivo
Arquivo de lista de acessão

-C str Operações de sequência, de acordo com os sinalizadores em str:
c Comprimir
d Descomprimir
v Lacunas virtuais dentro da sequência segmentada
s Converter conjunto segmentado em sequência delta

-D str Limpe os descritores, de acordo com os sinalizadores em str:
t Remover Título
c Remover Comentário
n Remover título do conjunto Nuc-Prot
e Remover título Pop / Phy / Mut / Eco Set
m Remover título de mRNA
p Remova o título da proteína

-F str Limpe os recursos, de acordo com os sinalizadores em str:
u Remover objetos do usuário
d Remova db_xrefs
e Remover / evidência e /inferência
r Remover xrefs de genes redundantes
f Fusível de recursos duplicados
k Região de codificação do pacote ou recursos de peças
z Excluir ou atualizar os números EC

-K str Execute uma limpeza geral, de acordo com os sinalizadores em str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C ++ BasicCleanup (por meio de um utilitário externo)
s SeriousSeqEntryCleanup
gGpipeSeqEntryCleanup
n Normalizar a ordem do descritor
u Remover objetos de usuário NcbiCleanup
c Sincronizar códigos genéticos
d Ressincronizar parciais de CDS
m Ressincronizar parciais de mRNA
t Ressincronizar parciais de peptídeo
a Ajustar união de consenso
i Promova a "pior" Seq-ID

-L nome do arquivo
Arquivo de log

-M nome do arquivo
Arquivo de macro

-N str Limpe os links, de acordo com os sinalizadores em str:
o Link CDS mRNA por sobreposição
p Link CDS mRNA por produto
r Reatribuir IDs de recursos
f Corrigir IDs de recursos recíprocos ausentes
c Limpar IDs de recursos

-P Opções de publicação:
a Remova todas as publicações
s Remova o número de série
f Remova a figura, a numeração e o nome
r Remover observação
u Atualizar publicação apenas de PMID
# Substitua não publicado por PMID

-Q str Relatório:
c Contagem de registro
r relatório ASN.1 BSEC
s relatório ASN.1 SSEC
n Relatório NORM vs. SSEC
e relatório PopPhyMutEco AutoDef
o Relatório de sobreposição
l Latitude-longitude país diferencial
d Registrar diferenças SSEC
g Dif GenBank SSEC
f asn2gb / asn2flat diff
h Dif Seg-para-delta GenBank
v Validador SSEC diff
m Modernize Gene / RNA / PCR
u Pesquisa de pub não publicado
p Consulta de pub publicado
j Relatório de diário não indexado
x digitalização personalizada

-R Busca remota de ID (bancos de dados de sequência NCBI)

-S str Filtro de diferença seletiva (pular letras maiúsculas)
SSEC
bBSEC
Um autor
p Publicação
l localização
rRNA
q Ordem de classificação do qualificador
g Bloco Genbank
k Pacote CdRegion ou recursos de peças
m Mover publicação
o Deixar publicação Bioseq duplicada
d Linha de definição automática
e Pop / Phy / Mut / Eco Set linha de definição

-T Pesquisa de taxonomia

-U str Modernize, de acordo com os sinalizadores em str:
genes
rRNA
p PCR primers

-V str Remover recursos por gravidade do validador:
r Rejeitar
e erro
w Aviso
i Informações

-X str Opções diversas, por str:
d Linha de definição automática
e Pop / Phy / Mut / Eco Set linha de definição
n Instanciar título NC
m Instancie títulos NM
x títulos especiais de XM
p Instancie títulos de proteína
c Criar mRNAs para sequências de codificação
f Fix recíproco protein_id / transcript_id

-Z str Remover o objeto de usuário indicado

-a str Tipo ASN.1
a Qualquer (padrão)
e Seq-entrada
b Biosseq
bioseq-set
m Seq-enviar
t Processamento em lote [string]

-b A entrada ASN.1 é binária

-c A entrada ASN.1 está compactada

-d str Banco de dados fonte
a Qualquer (padrão)
g GenBank
e EMBL
dDBJ
b EMBL ou DDBJ
r RefSeq
nNCBI
v Apenas sequências segmentadas
w Excluir sequências segmentadas
x Excluir EMBL / DDBJ
y Excluir gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Filtro de substring

-i nome do arquivo
Arquivo de entrada único (o padrão é stdin)

-j nome do arquivo
Primeiro nome de arquivo

-k nome do arquivo
Último nome do arquivo

-m str Modo Flatfile:
r Liberar
e Entrez
s Lantejoula
d Despejar

-n caminho
asn2flat executável (o padrão é / netopt / ncbi_tools / bin / asn2flat)

-o nome do arquivo
Arquivo de saída único (o padrão é stdout)

-p caminho
Processe todos os arquivos correspondentes em caminho

-q caminho
ffdiff executável (o padrão é / netopt / genbank / subtool / bin / ffdiff)

-r caminho
Caminho para resultados

-v caminho
Asnval executável (o padrão é / netopt / ncbi_tools / bin / asnval)

-x ext Sufixo de seleção de arquivo para uso com -p (o padrão é .ent)

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