Este é o comando ClonalFrame que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
ClonalFrame - inferência de microevolução bacteriana usando dados de sequência multilocus
SINOPSE
ClonalFrame [OPÇÕES] inputfile outputfile
DESCRIÇÃO
ClonalFrame identifica as relações clonais entre os membros de uma amostra, enquanto
também estimar a posição cromossômica de eventos de recombinação homóloga que têm
interrompeu a herança clonal.
opções:
-x NUM Define o número de iterações após o burn-in (o padrão é 50000)
-y NUM Define o número de iterações de burn-in (o padrão é 50000)
-z NUM Define o número de iterações entre as amostras (o padrão é 100)
-e NUM Define o número de movimentos de troca de ramos por iterações (o padrão é para que metade dos
o tempo é gasto trocando de ramo)
-m NUM Define o valor inicial de theta para NUM (o padrão é estimativa de Watterson)
-d NUM Define o valor inicial de delta para NUM (o padrão é 0.001)
-n NUM Define o valor inicial de nu para NUM (o padrão é 0.01)
-r NUM Define o valor inicial de R para NUM (o padrão é theta / 10 inicial)
-M Atualize o valor de theta
-D Não atualize o valor do delta
-N Não atualize o valor de nu
-R Não atualize o valor de R
-T Não atualize a topologia
-A Não atualize a idade dos nós
-G Remova todas as lacunas
-H Remova todas as lacunas em posições não polimórficas
-t NUM Indica qual árvore inicial usar: 0 para uma árvore nula, 1 para uma escolhida uniformemente
árvore coalescente e 2 para árvore UPGMA (padrão)
-w ARQUIVO
Use o arquivo Newick para a árvore inicial
-a NUM Define o primeiro parâmetro da distribuição beta anterior de nu
-b NUM Define o segundo parâmetro da distribuição beta anterior de nu
-U Use a priori uniformes para rho, theta e delta
-B Executar no modo BURST
-C Execute no modo UPGMA com um procedimento de bootstrap site a site
-c Executar no modo UPGMA com um procedimento de inicialização fragmento por fragmento
-S NUM Define a semente do gerador de número aleatório para NUM
-E NUM Define a taxa de crescimento exponencial (o padrão é 0)
-I Ignora o primeiro bloco no alinhamento
-L Limpe o alinhamento antes de executar o ClonalFrame
-l Distância mínima entre dois sites de referência (o padrão é 50)
-v Modo detalhado
Use ClonalFrame online usando serviços onworks.net
