cmfetch - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

cmfetch - recupera modelo (s) de covariância de um arquivo

SINOPSE

cmfetch [opções]
(recupera CM nomeado )

cmfetch -f [opções]
(recupera todos os CMs listados em )

cmfetch --índice [opções]
(índices para buscar)

DESCRIÇÃO

Recupera um ou mais CMs de um (um grande banco de dados Rfam, por exemplo).

Para permitir uma recuperação muito rápida, indexe o primeiro, usando cmfetch --índice. O índice
é um arquivo binário chamado .ssi.

O modo padrão é recuperar um único CM por nome ou acesso, chamado de . Escolha
exemplo:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

Com o -f opção, um contendo uma lista de uma ou mais chaves é lida em seu lugar.
O primeiro campo delimitado por espaço em branco em cada linha não em branco e não de comentário do
é usado como um , e todos os dados restantes na linha são ignorados. Isso permite uma variedade
de arquivos de dados delimitados por espaços em branco para serem usados ​​como s.

Ao usar -f e de um , if foi indexado, as chaves são recuperadas no
ordem em que ocorrem no , mas se não está indexado, as chaves são recuperadas em
a ordem em que ocorrem no . Este é um efeito colateral de uma implementação que
permite que várias chaves sejam recuperadas, mesmo se o é um fluxo não fermentável, como
um tubo de entrada padrão.

Em uso normal (sem --índice or -f opções), pode ser '-' (traço), o que significa
lendo a entrada de stdin em vez de um arquivo. Com o --índice opção, talvez não seja
'-'; não faz sentido indexar um fluxo de entrada padrão. Com o -f opção, também
or (mas não ambos) pode ser '-'. Muitas vezes é particularmente útil ler
da entrada padrão, porque isso permite o uso de linha de comando arbitrária
invocações para criar uma lista de nomes ou acessos CM e, em seguida, buscá-los todos para um novo arquivo,
apenas com um comando.

Por padrão, o CM é impresso na saída padrão no formato Infernal-1.1.

OPÇÕES

-h Ajuda; imprimir um breve lembrete do uso da linha de comando e todas as opções disponíveis.

-f O segundo argumento da linha de comando é um em vez de um único . A
primeiro campo em cada linha do é usado como uma recuperação (um nome de CM
ou adesão). Linhas em branco e linhas de comentário (que começam com um caractere #) são
ignorado.

-o Saída CM (s) para arquivo em vez de saída padrão.

-O Saída CM (s) para arquivo (s) individual (is) nomeado (s) em vez de saída padrão. Com o
-f opção, isso pode resultar na criação de muitos arquivos.

--índice
Em vez de recuperar um ou mais perfis de , indexar o para
recuperações futuras. Isso cria um .ssi arquivo de índice binário.

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