Este é o comando compalign que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
compalign - compare dois alinhamentos múltiplos
SINOPSE
compalinhar [-opções]
DESCRIÇÃO
compalinhar calcula a "identidade" fracionária entre o alinhamento confiável e o teste
alinhamento. Os dois arquivos devem conter exatamente as mesmas sequências, exatamente da mesma
ordem.
A identidade dos alinhamentos de sequência múltipla é definida como a identidade média sobre
todos os alinhamentos de pares N (N-1) / 2.
A identidade fracionária de dois conjuntos de alinhamentos de pares é, por sua vez, definida como segue
(para sequências conhecidas alinhadas k1 e k2, e sequências de teste alinhadas t1 e t2):
colunas correspondentes / total de colunas
onde colunas totais = o número total de colunas em que há
um símbolo válido (nongap) em k1 ou k2;
colunas correspondentes = o número de colunas em que um dos
o que se segue é verdade:
k1 e k2 têm símbolos válidos em uma determinada coluna; t1 e t2
têm os mesmos símbolos alinhados em uma coluna do t1 / t2
alinhamento;
k1 tem um símbolo alinhado a uma lacuna em k2; aquele símbolo em t1 é
também alinhado a uma lacuna;
k2 tem um símbolo alinhado a uma lacuna em k1; aquele símbolo em t2 é
também alinhado a uma lacuna.
Como as pontuações de todos os pares possíveis são calculadas, o algoritmo é da ordem (N ^ 2) L para
N sequências de comprimento L; grandes conjuntos de sequências vão demorar um pouco.
OPÇÕES
Opções disponíveis:
-h Imprima uma ajuda curta e informações de uso.
-c Compare apenas na estrutura de consenso marcada # = CS.
--informar
Especifique se ambos os alinhamentos estão em formato (MSF, por exemplo).
--quieto
Suprime o cabeçalho detalhado (usado em testes de regressão).
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