Este é o comando cpgplote que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
cpgplot - Identificar e plotar ilhas CpG na (s) sequência (s) de nucleotídeos
SINOPSE
cpgplot -seqüência sequência -janela número inteiro -minlen número inteiro -minoe flutuar -minpc flutuar
-arquivo de saída arquivo de saída -enredo alternancia -gráfico xigrafo -obsexp booleano -CG booleano
-pc booleano -excesso façanha
cpgplot -Socorro
DESCRIÇÃO
cpgplot é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleic: CpG Islands".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência sequência
Exigido seção
-janela número inteiro
A porcentagem de conteúdo de CG e a frequência observada de CG são calculadas dentro de um
janela cujo tamanho é definido por este parâmetro. A janela é movida para baixo na sequência e
essas estatísticas são calculadas em cada posição para a qual a janela é movida. Predefinição
valor: 100
-minlen número inteiro
Isso define o comprimento mínimo que uma ilha CpG deve ter antes de ser relatada.
Valor padrão: 200
-minoe flutuar
Isso define a média mínima observada para a proporção esperada de C mais G para CpG em um conjunto
de 10 janelas que são necessárias antes que uma ilha CpG seja relatada. Valor padrão: 0.6
-minpc flutuar
Isso define a porcentagem média mínima de G mais C, um conjunto de 10 janelas que são
necessário antes que uma ilha CpG seja relatada. Valor padrão: 50.
saída seção
-arquivo de saída arquivo de saída
Isso define o nome do arquivo que contém o relatório do nome da sequência de entrada, CpG
os parâmetros da ilha e os detalhes de saída de quaisquer ilhas CpG encontradas.
-enredo alternancia
Valor padrão: Y
-gráfico xigrafo
-obsexp booleano
Se isso for definido como verdadeiro, o gráfico da relação observada e esperada de C mais G para
CpG dentro de uma janela é exibido. Valor padrão: Y
-CG booleano
Se for definido como verdadeiro, o gráfico das regiões que foram determinadas como
Ilhas CpG são exibidas. Valor padrão: Y
-pc booleano
Se for definido como verdadeiro, o gráfico da porcentagem C mais G dentro de uma janela é
exibido. Valor padrão: Y
-excesso façanha
Arquivo para recursos de saída
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