dcmstack - On-line na nuvem

PROGRAMA:

NOME

dcmstack - conversor de DICOM para NIfTI

DESCRIÇÃO

uso: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [- ordem horária TIME_ORDER] [--ordenação vetorial VECTOR_ORDER]
[-l] [--desativar-tradutor DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [-strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs...]]

Empilhe arquivos DICOM de cada diretório de origem em volumes 2D a 5D, extraindo opcionalmente
metadados.

posicional argumentos:
src_dirs
Os diretórios de origem que contêm arquivos DICOM.

opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

Entrada opções:
--forçar leitura
Tente ler todos os arquivos como DICOM, mesmo que não tenham o preâmbulo.

--arquivo-ext ARQUIVO_EXT
Apenas tente ler arquivos com a extensão fornecida. Padrão: .dcm

--allow-manequins
Permitir arquivos DICOM sem dados de pixel, preenchendo aquela fatia da saída
nifti com o valor máximo representável.

saída opções:
--dest-dir DEST_DIR
Diretório de destino, o padrão é o diretório de origem.

-o SAÍDA_NAME, --nome-saída OUTPUT_NAME
String de formato Python que determina os nomes dos arquivos de saída com base em tags DICOM.

--output-ext SAÍDA_EXT
A extensão para o tipo de arquivo de saída. Padrão: .nii.gz

-d, --dump-meta
Despeje os metadados extraídos em um arquivo JSON com o mesmo nome de base do
Nifti gerado

--embed-meta
Incorpore os metadados extraídos em uma extensão de cabeçalho Nifti (no formato JSON).

empilhamento opções:
-g GRUPO_BY, --grupo por GRUPO_BY
Lista separada por vírgulas de chaves de metadados para agrupar arquivos de entrada em pilhas.

- ordem de voxel VOXEL_ORDER
Peça os voxels para que os índices espaciais comecem nessas direções no paciente
espaço. As instruções no espaço do paciente devem ser fornecidas como um código de três caracteres:
(l) popa, (r) ight, (a) nterior, (p) osterior, (s) superior, (i) inferior. Passando por um vazio
string irá desativar a reorientação. Padrão: LAS

-t TEMPO_VAR, --time-var TIME_VAR
A palavra-chave do elemento DICOM a ser usada para ordenar a pilha ao longo da dimensão do tempo.

--vetor-var VECTOR_VAR
A palavra-chave do elemento DICOM a ser usada para ordenar a pilha ao longo da dimensão do vetor.

- ordem horária TIME_ORDER
Fornece um arquivo de texto com a ordem desejada para os valores (um por linha) do
atributo usado como a variável de tempo. Esta opção raramente é necessária.

- ordem do vetor VECTOR_ORDER
Fornece um arquivo de texto com a ordem desejada para os valores (um por linha) do
atributo usado como a variável do vetor. Esta opção raramente é necessária.

Meta Processo de e Filtragem opções:
-l, --list-tradutores
Listar tradutores habilitados e sair

--disable-tradutor DISABLE_TRANSLATOR
Desative os tradutores para as tags fornecidas. As tags devem ser fornecidas no formato
"0x0_0x0". Mais de um pode ser fornecido em uma lista separada por vírgulas. Se a palavra "todos"
for fornecido, todos os tradutores serão desativados.

--extrair-privado
Extraia metadados de elementos privados, mesmo se não houver tradutor. Se o
o valor do elemento contém bytes não ascii, mas ainda será ignorado. o
os metadados extraídos ainda podem ser filtrados pelas expressões regulares.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Inclua todos os metadados em que a chave corresponda à expressão regular fornecida. Esse
irá substituir quaisquer expressões de exclusão. Aplica-se a todos os metadados.

-e EXCLUDE_REGEX, --excluir-regex EXCLUDE_REGEX
Exclua quaisquer metadados em que a chave corresponda à expressão regular fornecida. Esse
complementará as expressões de exclusão padrão. Aplica-se a todos os metadados.

--default-regexes
Imprima a lista de expressões regulares de inclusão e exclusão padrão e saia.

Geral opções:
-v, --verbose
Imprima informações adicionais.

--rigoroso
Falha na primeira exceção em vez de mostrar um aviso.

--versão
Mostre a versão e saia.

É SUA RESPONSABILIDADE SABER SE HÁ INFORMAÇÕES PRIVADAS DE SAÚDE NOS METADADOS
EXTRAÍDO POR ESTE PROGRAMA.

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