Este é o comando demux que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
demux - Converter restrições de distância XPLOR para o formato Gromacs
SINOPSE
demux md0.log extra
DESCRIÇÃO
Se você gostaria de fazer suas trajetórias contínuas novamente, você pode usar demux ler
seu arquivo md0.log (você pode concatenar vários, se necessário) e produzir alguns resultados
arquivos. Um deles é um arquivo .xvg (réplica_ndx.xvg) que pode ser passado para trjcat(1) juntamente
com os arquivos de trajetória original, a fim de produzir trajetórias contínuas. O outro
Arquivo (réplica_temp.xvg) contém as temperaturas para cada réplica, começando no
temperatura original. Portanto, se sua réplica de interesse começar em, digamos, 300 K, você pode seguir
sua trajetória através do espaço de temperatura. Seria interessante adicionar alguns
funcionalidade para fazer histogramas de distribuições de temperatura para cada réplica, que
de acordo com a maioria dos autores, deve ser plano. As trajetórias demuxadas podem ser usadas com
g_cinética(1) para obter a cinética de dobramento de proteínas a partir de trajetórias REMD.
OPÇÕES
md0.log Arquivo de registro da trajetória que você deseja tornar contínua. Vários arquivos podem ser
anexados juntos.
extra Número de vezes que cada entrada no arquivo de log será copiada. (Inteiro)
LIMITAÇÕES
Se sua troca foi a cada N ps e você salvou cada M ps que pode fazer para o que falta
quadros por configuração extra para (N / M - 1). Se N / M não for inteiro, você está sem sorte e
não será capaz de demuxar suas trajetórias.
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