dissulfinder - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

dissulfinder - estado de ligação dissulfeto de cisteínas e preditor de conectividade

SINOPSE

dissulfinder [OPÇÕES]

DESCRIÇÃO

'dissulfinder' é para prever o estado de ligação dissulfeto de cisteínas e seus
conectividade de dissulfeto começando apenas com a sequência. As pontes dissulfeto desempenham um papel importante
na estabilização do processo de dobramento de várias proteínas. Predição de dissulfeto
pontes de sequência sozinhas são, portanto, úteis para o estudo de estruturas e funções
propriedades de proteínas específicas. Além disso, o conhecimento sobre o estado de ligação dissulfeto
de cisteínas pode ajudar no processo de determinação da estrutura experimental e pode ser útil
em outras tarefas de anotação genômica. 'dissulfinder' prevê padrões de dissulfeto em dois
estágios computacionais: (1) o estado de ligação dissulfeto de cada cisteína é previsto por um
Classificador binário BRNN-SVM; (2) cisteínas que são conhecidas por participarem da formação
de pontes são emparelhadas por uma rede neural recursiva para obter um padrão de conectividade.

REFERÊNCIAS

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo e P. Frasconi. DISULFIND: um estado de ligação dissulfeto
and Cysteine ​​Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (Web Server
edição): W177-W181, 2006.

Para o preditor de conectividade de dissulfeto, consulte:

A. Vullo e P. Frasconi. Predição de conectividade dissulfeto usando neural recursivo
Networks and Evolutionary Information, Bioinformática, 20, 653-659, 2004.

Para o preditor de estado de ligação de cisteína, consulte:

P. Frasconi, A. Passerini e A. Vullo. Uma arquitetura SVM de dois estágios para prever o
Disulfide Bonding State of Cysteines, Proc. Workshop IEEE sobre Redes Neurais para Sinal
Processamento, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini e A.Vullo. Predizendo o estado de ligação dissulfeto de
Cisteínas com combinações de máquinas de kernel, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

OPÇÕES

-a, --alternatives =NÚMERO
padrões de conectividade alternativos (padrão = 3)

-o, --output =DIR
output dir onde as previsões serão salvas (padrão = $ PWD)

-p, --psi2 =FILE | DIR
entrada no formato psi2 (PSI-BLAST Matrix em ASCII), um único arquivo ou um
diretório(?). Gere isso com "blastpgp -j -Q ARQUIVO "onde N> = 2.

-r, --rootdir =DIR
diretório de trabalho (padrão =~ / dissulfinder)

-k, --pkgdatadir =DIR
diretório de dados do pacote contendo Modelos (padrão =/ usr / share / disulfinder)

-F, --format = {html | ascii}
tipo de formato de saída (padrão = ascii)

-d --blastdb =DIR
opção blastpgp -d (padrão = / data / sp + trembl)

-c, --cleanpred
limpar arquivos de previsão intermediários (padrão = falso)

-P, --usepssm
use pssm em vez de contagens para perfis (padrão = falso)

-C, --conhecido estado de ligação
assume que o estado de ligação é conhecido (um arquivo para cada cadeia no diretório
/ Predictions / Bondstate / Viterbi) (padrão = falso)

-v, --versão
versão dissulfinder

-?, --ajuda
tela de ajuda

EXEMPLOS

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir "

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