Este é o comando faidx que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
faidx - Buscar sequências de FASTA
SINOPSE
faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {leito, tamanhos cromáticos, nucleotídeo, transposto}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--versão] fasta
[regiões [regiões ...]]
DESCRIÇÃO
Buscar sequências de FASTA. Se nenhuma região for especificada, todas as entradas no arquivo de entrada serão
retornou. O arquivo FASTA de entrada deve ser quebrado de forma consistente, e quebra de linha de saída
é baseado em comprimentos de linha de entrada.
OPÇÕES
Posicional argumentos
arquivo fasta FASTA
regiões
regiões separadas por espaço da sequência para buscar, por exemplo, chr1: 1-1000
Opcional argumentos
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia
-b CAMA, --cama CAMA
arquivo de cama das regiões
-o FORA, --Fora OUT
nome do arquivo de saída (padrão: stdout)
-i {leito, chromsizes, nucleotide, transposto}, --transformar
{leito, tamanhos cromáticos, nucleotídeo, transposto}
transformar as regiões solicitadas em outro formato. padrão: nenhum
-c, --complemento
complemente a sequência. padrão: falso
-r, --marcha ré
inverta a sequência. padrão: falso
-n, --nomes
omita nomes de sequência da saída. padrão: falso
-f, --nomes completos
produzir nomes completos, incluindo descrição. padrão: falso
-x, --split-files
escreva cada região em um arquivo separado (os nomes são derivados de regiões)
-l, --preguiçoso
Preencha --default-seq para intervalos ausentes. padrão: falso
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
base padrão para posições ausentes e mascaramento. padrão: N
-d DELIMITADOR, --delimitador DELIMITADOR
delimitador para dividir nomes em vários valores (nomes duplicados serão
descartado). padrão: nenhum
-g REGEX, --regex REGEX
expressão regular para filtrar nomes de sequência não correspondentes. predefinição: .*
-m, --mask-com-default-seq
mascarar o arquivo FASTA usando --default-seq padrão: falso
-M, --máscara por caso
mascarar o arquivo FASTA mudando para minúsculas. padrão: falso
--versão
imprimir o número da versão do pyfaidx
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