gamgi.real - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gamgi - interface gráfica de modelagem atomística geral

SINOPSE

gamgi [arquivo_1.xml] ... [arquivo_n.xml]

DESCRIÇÃO

gamgi é um pacote de computador para construir, visualizar e analisar estruturas atômicas.

OPÇÕES

arquivo_n.xml é um nome completo, como:

../dat/molecule/flavors/garlic.xml
~ / gamgi / dat / molecule / flavors / garlic.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Os dados do objeto e da configuração podem ser misturados, portanto arquivo_1.xml pode ser um arquivo de preferências, carregado
antes dos outros arquivos de objeto. Para automatizar o procedimento, basta adicionar uma linha como esta para
~ / .bashrc:

aliás gamgi = 'gamgi ~ / gamgi / my_defaults.xml'

MEIO AMBIENTE

GAMGI_HELP
Defina esta variável para permitir que GAMGI saiba onde estão os arquivos de documentação da Ajuda. Para
exemplo, adicione uma linha como esta para ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP =~ / gamgi / gamgi / doc; exportar GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
Defina esta variável para permitir que GAMGI saiba onde estão os arquivos .ttf DejaVu, para renderizar
fontes sólidas. Por exemplo, adicione uma linha como esta para ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT =~ / gamgi / gamgi / src / io / fonts; exportar GAMGI_TEXT

NAVEGADOR
Defina esta variável para permitir ao GAMGI saber qual navegador iniciar, caso seja escolhido
para ler a Ajuda. Por exemplo, adicione uma linha como esta para ~ / .bashrc:

NAVEGADOR = firefox; exportar NAVEGADOR

AJUDA

Leia as informações introdutórias com Ajuda-> Iniciar. Navegue pela documentação em
http://www.gamgi.org/ ou sua cópia local em gamgi / doc /. Use os mecanismos de ajuda reunidos
sob o botão Ajuda. Inscreva-se na lista de mailling[email protegido]>.

Contate o autor em[email protegido]>.

Em todas as interfaces e formatos, os comprimentos estão em angstrom, os ângulos em graus e
os números decimais são representados com pontos. Cada parâmetro que pode ser definido em um
interface também pode ser definida em um arquivo e vice-versa.

INTERFACES

Gire, mova, dimensione o objeto selecionado pressionando o botão esquerdo, do meio e direito do mouse.
Exporte o objeto selecionado escolhendo Arquivo-> Exportar. A barra de status mostra o objeto selecionado
(esquerda) e camada (direita).

Para selecionar um objeto, escolha Objeto-> Selecionar e pressione sobre o objeto. Ou escolha o objeto
classe no menu acima, com o botão do meio, antes de pressionar o objeto. Ou pressione
duas vezes Layer, Window ou GAMGI no menu acima. Quando o objeto não tem visual
representação, pressione o mouse sobre a área de gráfico, para abrir um menu.

Para selecionar uma camada, escolha Camada-> Selecionar e pressione o mouse sobre a área de gráfico para exibi-la
um menu. Ou escolha a classe da camada no menu acima, com o botão do meio, antes
pressionando o mouse sobre a área gráfica, para abrir um menu.

Objetos sólidos geralmente requerem luzes com componentes difusos e especulares para serem adequadamente
representados no espaço 3D, caso contrário, eles parecem planos. Objetos com fio não têm 3D
representação, de modo que as luzes difusas e especulares não são refletidas, tornando-se pouco visíveis
ao usar luzes, a menos que um componente de ambiente significativo seja usado. Muitas vezes vale a pena
desenhe objetos sólidos e com fio em camadas diferentes, com e sem luzes.

Quando um diálogo de tarefa é aberto, para aprender como funciona, basta selecionar Ajuda-> Atual e outro
a caixa de diálogo aparecerá, explicando o significado de todos os parâmetros na caixa de diálogo da tarefa.

Para ver explicações detalhadas das interfaces GAMGI, consulte o manual de referência em
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc / interfaces / reference.html or
Ajuda-> Tópico-> Interfaces.

FORMATOS

GAMGI pode importar arquivos em .xyz e .xml formato nativo, selecionado automaticamente pelo arquivo
extensão. GAMGI pode exportar arquivos em .ps, .ppm, .jp [e] g, . Png, .tif [f], .x3d e nativo
.xml formatos, selecionados automaticamente pela extensão do arquivo.

No formato XML nativo GAMGI, uma molécula de água pode ser descrita como:












Para ver explicações detalhadas dos formatos GAMGI, consulte o manual de referência em
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc /forms / reference.html or
Ajuda-> Tópico-> Formatos.

EXEMPLOS

Escolha Ajuda-> Tutoriais para obter uma lista de procedimentos totalmente descritos, exemplificando a maioria
aspectos do trabalho com GAMGI.

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