Este é o comando gene2xml que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
gene2xml - converter NCBI Entrez Gene ASN.1 em XML
SINOPSE
gene2xml [-] [-b] [-c] [-i nome do arquivo] [-l] [-o nome do arquivo] [-p caminho] [-r caminho] [-t N] [-x]
[-y] [-z]
DESCRIÇÃO
gene2xml é um programa autônomo que converte Entrez Gene ASN.1 em XML. Entrez Gene
os dados são armazenados como arquivos binários Entrezgene-Set ASN.1 compactados no site ftp do NCBI, e
tem o sufixo .ags.gz. Eles são várias vezes menores do que os arquivos XML compactados,
resultando em uma economia significativa de armazenamento em disco e largura de banda da rede. Normal
processamento por gene2xml produz arquivos XML de texto com o mesmo nome, mas com .xgs como o
sufixo.
OPÇÕES
Um resumo das opções está incluído abaixo.
- Imprimir mensagem de uso
-b Arquivo é binário
-c O arquivo está compactado
-i nome do arquivo
Arquivo de entrada única (entrada padrão por padrão) quando não estiver usando -p
-l Processamento de log (lista de arquivos processados ao usar -p)
-o nome do arquivo
Arquivo de saída único (saída padrão por padrão) quando não estiver usando -p
-p caminho
Caminho para os arquivos (se estiver processando um diretório inteiro)
-r caminho
Caminho para resultados ao usar -p; o padrão é o diretório de entrada
-t N Limite para o ID de táxon fornecido (por http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/)
-x Extraia .ags para o texto .agc (formato distribuído anteriormente)
-y Combine .agc com .ags de texto (para teste)
-z Combine .agc com .ags binários e gzip
Use gene2xml online usando serviços onworks.net
