Este é o comando geneparse que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
geneparse - interface do carregador de arquivo de sequência
SINAPSE
geneparse [opções ...] [entrada] [entrada2 ...] # ler a entrada e escrever para saída padrão
DESCRIÇÃO
Lê um arquivo de sequência e o grava em algum lugar (por padrão, em stdout).
Um intervalo específico dentro de um arquivo de entrada pode ser especificado por arquivo [iniciar, parar]. O quadrado
colchetes podem ser trocados por qualquer um de {[()]}, (por exemplo, "genome.fa [3000,4000]" ou
"genome.fa {3000 ~ 4000}"). Esteja ciente de que tudo isso pode ser analisado por seu shell. Também
qualquer caractere diferente de palavra pode ser usado para separar os números.
OPÇÕES
--repeatmask | -r
use sequências com máscara de repetição suave (ou seja: substitua as bases em letras minúsculas por N's).
--upper | --unmask | -U
maiúsculas todas as bases.
--length | -l
apenas imprima o comprimento e saia
--clean | -c
não acrescente uma nova linha quando terminar
--version | -V
imprime a versão do programa
--help | -h
imprime uma mensagem de ajuda
--output | -o
envia a saída para um arquivo (caso contrário, use stdout). --output implica --clean.
--quiet | -q
silenciar todos os avisos
--verbose | -v
imprime muitos detalhes extras
Use geneparse online usando serviços onworks.net
