genome-music-galaxyp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

genome music galaxy - Execute o pacote completo de ferramentas MuSiC sequencialmente.

VERSÃO

Este documento descreve o genoma music galaxy versão 0.04 (2016-01-01 às 23:10:18)

SINOPSE

genoma music galaxy [--output-dir =?] --bam-list =? --output-bundle =? --roi-file =?
--reference-sequence =? --maf-file =? --pathway-file =? [--numeric-clinic-data-file =?]
[--categorical-clinic-data-file =?] [--mutation-matrix-file =?] [--permutations =?]
[--normal-min-depth =?] [--tumor-min-depth =?] [--min-mapq =?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore =?] [--bmr =?] [--max-proximo =?] [--bmr-modifier-file =?]
[--numerical-data-test-method =?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr =?]
[--genetic-data-type =?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups =?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path =?] [--glm-model-file =?] [--processors =?] [--aa-range =?]
[--nuc-range =?] [--reference-build =?] [--show-known-hits] [--glm-clinic-data-file =?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir =?] [--cosmic-dir =?] [--verbose]
[- arquivo de matriz de correlação clínica =?]

Esta ferramenta toma como parâmetros todas as informações necessárias para executar as ferramentas individuais. Um
exemplo de uso é:

... tocar música \
--bam-list input / bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinic-data-file input / numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input / myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir\
--pathway-file input / pathway_db \
- entrada de sequência de referência / refseq / all_sequences.fa \
--roi-file input / all_coding_regions.bed \
- gene do tipo de dados genéticos

É REQUERIDO ARGUMENTOS

lista de bam Texto
Lista delimitada por tabulação de arquivos BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]

pacote de saída Texto
Local onde o Galaxy gostaria que o pacote de saídas de música fosse salvo

arquivo roi Texto
Lista delimitada por tabulação de ROIs [chr start stop gene_name]

sequência de referência Texto
Caminho para a sequência de referência no formato FASTA

arquivo maf Texto
Lista de mutações usando especificações TCGA MAF v2.3

arquivo de caminho Texto
Arquivo delimitado por tabulação de informações do caminho

OPCIONAL ARGUMENTOS

diretório de saída
Diretório onde os arquivos de saída e subdiretórios serão gravados

Valor padrão '' se não for especificado

arquivo de dados clínicos numéricos Texto
Tabela de amostras (y) vs. categoria de dados clínicos numéricos (x)

arquivo de dados clínicos categóricos Texto
Tabela de amostras (y) vs. categoria de dados clínicos categóricos (x)

arquivo de matriz de mutação Texto
Opcionalmente, armazene a matriz amostra vs gene usada durante os cálculos.

permutações Sessão
Número de permutações usadas para determinar os valores P

profundidade mínima normal Número inteiro
A profundidade de leitura mínima para considerar uma base BAM normal como coberta

tumor-min-profundidade Número inteiro
A profundidade de leitura mínima para considerar uma base de Tumor BAM como coberta

min-mapq Número inteiro
A qualidade mínima de mapeamento de leituras a considerar para contagens de profundidade de leitura

omitido Booleano
Relate cada mutação ignorada, não apenas quantas

Valor padrão 'false' (--noshow-skipped) se não for especificado

noshow-saltado Booleano
Tornar 'falso' ignorado

genes para ignorar Texto
Lista delimitada por vírgulas de genes a serem ignorados para taxas de mutação de fundo

tmb Sessão
Taxa de mutação de fundo nas regiões-alvo

proximidade máxima Texto
Distância AA máxima entre 2 mutações

arquivo modificador bmr Texto
Lista delimitada por tabulação de valores por gene que modificam a BMR antes de testar [gene_name
bmr_modifier]

método de teste de dados numéricos Texto
Ou 'cor' para correlação de Pearson ou 'wilcox' para o teste de soma de postos de Wilcoxon para
dados clínicos numéricos.

Valor padrão 'cor' se não for especificado

genes skip-low-mr Booleano
Ignorar o teste de genes com RMs inferiores ao RM de base

Valor padrão 'true' se não for especificado

genes noskip-low-mr Booleano
Faça skip-low-mr-genes 'falsos'

máximo-fdr Sessão
A taxa máxima de descoberta falsa permitida para um gene ser considerado um SMG

Valor padrão '0.2' se não for especificado

tipo de dados genéticos Texto
Os dados no arquivo de matriz devem ser dados do tipo "gene" ou "variante"

cabeçalhos de anotação wu Booleano
Use isto como padrão para cabeçalhos de formato de anotação wustl

cabeçalhos de anotação nowu Booleano
Tornar wu-annotation-headers 'false'

grupos bmr Número inteiro
Número de grupos de amostras com BMRs comparáveis

Valor padrão '1' se não for especificado

truncamentos separados Booleano
Mutações truncacionais de grupo como uma categoria separada

Valor padrão 'false' (--noseparate-truncations) se não for especificado

truncamentos de nariz Booleano
Faça truncamentos separados 'falsos'

mesclar-muts simultâneos Booleano
Múltiplas mutações de um gene na mesma amostra são tratadas como 1

Valor padrão 'false' (--nomerge-concurrent-muts) se não for especificado

nomerge-concurrent-muts Booleano
Tornar merge-concurrent-muts 'false'

pular sem codificação Booleano
Ignorar mutações não codificantes do arquivo MAF fornecido

Valor padrão 'true' se não for especificado

noskip-não-codificação Booleano
Tornar "falsa" a não codificação para ignorar

pular silencioso Booleano
Ignorar mutações silenciosas do arquivo MAF fornecido

Valor padrão 'true' se não for especificado

noskip-silencioso Booleano
Tornar o skip-silent 'falso'

min-mut-genes-por-caminho Número inteiro
Vias com menos genes mutantes do que isso serão ignoradas

Valor padrão '1' se não for especificado

arquivo de modelo glm Texto
Arquivo que descreve o tipo de modelo, variável de resposta, covariantes, etc. para o GLM
análise. (Veja a descrição).

processadores Número inteiro
Número de processadores a serem usados ​​em SMG (requer pacotes R 'foreach' e 'doMC')

Valor padrão '1' se não for especificado

gama aa Número inteiro
Defina a proximidade de uma correspondência 'próxima' ao pesquisar por acertos próximos de aminoácidos

Valor padrão '2' se não for especificado

alcance nuc Número inteiro
Defina a proximidade de uma correspondência 'próxima' ao pesquisar a posição de nucleotídeos perto de acertos

Valor padrão '5' se não for especificado

construção de referência Texto
Coloque "Build36" ou "Build37"

Valor padrão 'Build37' se não for especificado

hits conhecidos Booleano
Quando uma descoberta for nova, mostre AA conhecido nesse gene

Valor padrão 'true' se não for especificado

hits conhecidos no show Booleano
Tornar 'falsos' os sucessos de exibição de programas

glm-clinic-data-file Texto
Traços clínicos, perfis mutacionais, outros dados clínicos mistos (ver DESCRIÇÃO).

use-maf-em-glm Booleano
Defina este sinalizador para usar a matriz de variante criada a partir do arquivo MAF como entrada de variante para
Análise GLM.

Valor padrão 'false' (--nouse-maf-in-glm) se não for especificado

nouse-maf-in-glm Booleano
Faça use-maf-in-glm 'false'

omimaa-dir Caminho
pasta de banco de dados de mutação de aminoácidos omim

cósmico-dir Caminho
pasta de banco de dados de mutação de aminoácidos cósmicos

detalhado Booleano
ligue para exibir uma saída de trabalho maior

Valor padrão 'true' se não for especificado

novebose Booleano
Tornar verboso 'falso'

arquivo-matriz de correlação clínica Texto
Opcionalmente, armazene a matriz amostra vs gene usada internamente durante os cálculos.

DESCRIÇÃO

Este comando pode ser usado para executar todas as ferramentas de análise MuSiC em um conjunto de dados. Por favor
consulte as ferramentas individuais para obter uma descrição mais detalhada dos parâmetros.

AUTORES

Thomas B. Mooney, MS

CRÉDITOS

Por favor, veja os créditos para genoma-musica(1).

Use genome-music-galaxyp online usando serviços onworks.net