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PROGRAMA:

NOME

sobrevivência da música genoma - Crie gráficos de sobrevivência e valores P para clínica e mutacional
fenótipos.

VERSÃO

Este documento descreve a versão de sobrevivência da música genoma 0.04 (2016-01-01 às 23:10:18)

SINOPSE

sobrevivência da música genoma --bam-list =? --output-dir =? [--maf-file =?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type =?] [--numeric-clinic-data-file =?]
[--categorical-clinic-data-file =?] [--glm-clinic-data-file =?]
[--phenotypes-to-include =?] [--legend-placement =?] [--skip-non-coding]

... sobrevivência da música \
--bam-list /caminho/minhaListaBam.tsv \
--maf-file /caminho/myMAF.tsv \
--numeric-clinic-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinic-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir / path / output_directory

... sobrevivência da música \
--bam-list /caminho/minhaListaBam.tsv \
--maf-file /caminho/myMAF.tsv \
--glm-clinic-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir / path / output_directory

... sobrevivência da música \
--bam-list /caminho/minhaListaBam.tsv \
--maf-file /caminho/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--glm-clinic-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Raça, Gênero, TP53' \
--output-dir / path / output_directory

É REQUERIDO ARGUMENTOS

lista de bam Texto
Lista de nomes de amostra a serem incluídos na análise. (Veja a descrição)

diretório de saída Texto
Diretório onde os arquivos de saída serão gravados

OPCIONAL ARGUMENTOS

arquivo maf Texto
Lista de mutações no formato MAF

pular silencioso Booleano
Ignorar mutações silenciosas do arquivo MAF fornecido

Valor padrão 'true' se não for especificado

noskip-silencioso Booleano
Tornar o skip-silent 'falso'

tipo de dados genéticos Texto
Correlacionar dados clínicos com dados de nível de "gene" ou "variante"

Valor padrão 'gene' se não for especificado

arquivo de dados clínicos numéricos Texto
Tabela de amostras (y) vs. categoria de dados clínicos numéricos (x)

arquivo de dados clínicos categóricos Texto
Tabela de amostras (y) vs. categoria de dados clínicos categóricos (x)

glm-clinic-data-file Texto
Traços clínicos, perfis mutacionais, outros dados clínicos mistos (ver DESCRIÇÃO).

fenótipos para incluir Texto
Inclua apenas esses genes e / ou fenótipos na análise. (COMMA-DELIMITADO)

colocação de legenda Texto
Escolha um de 'bottomleft', 'topleft', 'topright' ou 'bottomright'.

Valor padrão 'bottomleft' se não for especificado

pular sem codificação Booleano
Ignorar mutações não codificantes do arquivo MAF fornecido

Valor padrão 'true' se não for especificado

noskip-não-codificação Booleano
Tornar "falsa" a não codificação para ignorar

DESCRIÇÃO

Este comando realiza análise de sobrevivência e traça curvas de sobrevivência para dados mutacionais, como
bem como quaisquer características clínicas de interesse, conforme especificado por meio da entrada --phenotypes-to-include
parâmetro. As análises realizadas incluem o estimador Kaplan-Meier seguido pelo Cox
Modelo de riscos proporcionais. As saídas para cada gene / característica clínica analisada incluem sobrevivência
curvas, uma razão de risco (com intervalos de confiança) e valores P e FDRs que descrevem o
significância da diferença entre sobreviventes e não sobreviventes.

Todos os arquivos de dados clínicos são pesquisados ​​para o "vital_status" necessário (não diferencia maiúsculas de minúsculas)
e colunas "days_to_last_followup" que são emparelhadas com fenótipos por meio de IDs de amostra para o
análise de sobrevivência. A primeira coluna de todos os arquivos de dados clínicos DEVE conter a amostra
IDs, o mesmo que em outras ferramentas MuSiC. Por padrão, a análise é realizada em cada gene presente
no MAF. Opcionalmente, a análise pode ser limitada a apenas genes específicos, listando-os
(delimitado por vírgulas) após o parâmetro de entrada --phenotypes-to-include. A análise de sobrevivência pode
também pode ser realizada em outras colunas no arquivo de dados clínicos, adicionando os cabeçalhos das colunas
à lista de entradas especificadas após o parâmetro de entrada --phenotypes-to-include.

Aqui estão algumas diretrizes gerais para a criação de arquivos de entrada de dados clínicos:

· Os cabeçalhos são obrigatórios.

· A primeira coluna de cada arquivo de dados clínicos deve conter IDs de amostra que correspondem aos
na lista --bam-list e na lista de variantes MAF (no MAF, esta é a
Coluna Tumor_Sample_Barcode, especificamente).

· Em pelo menos um dos arquivos de entrada de dados clínicos, colunas com cabeçalhos "vital_status"
e "days_to_last_followup" (não faz distinção entre maiúsculas e minúsculas) deve existir. "vital_status" deve ser
delineado por 1s e 0s, onde 0 denota 'vivo' e 1 denota 'falecido'.

Observe que todos os arquivos de entrada devem ser separados por tabulação.

ARGUMENTOS

--bam-lista
Forneça um arquivo contendo nomes de amostra e localizações BAM normais / tumorais para cada um. Usar
o formato delimitado por tabulação [sample_name normal_bam tumor_bam] por linha. Esta ferramenta apenas
precisa de sample_name, então todas as outras colunas podem ser ignoradas. O sample_name deve ser o
iguais aos nomes das amostras de tumor usados ​​no arquivo MAF (16ª coluna, com o cabeçalho
Tumor_Sample_Barcode).

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