Este é o comando geom que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
geom - analisa uma entrada de geometria molecular em coordenadas cartesianas.
DESCRIÇÃO
O programa geometria lê um conjunto de coordenadas cartesianas e determina a partir delas o vínculo
distâncias (Bohr e angstrom), ângulos de união, ângulos de torção, ângulos fora do plano
(opcional), momentos de inércia e constantes rotacionais.
ARQUIVOS É REQUERIDO
input.dat - arquivo de entrada
e um dos seguintes:
geom.dat - arquivo de geometria
file11.dat - arquivo de geometria / gradiente em formato PSI
ARQUIVOS GERADO
geom.out - arquivo contendo a análise
INPUT OPÇÕES
A geometria programa tem as seguintes opções:
-h Imprima informações de ajuda (essas opções).
-ases [nome do arquivo]
Leia a entrada em um formato de saída ACES, com cada linha consistindo em
símbolo, número atômico e coordenadas cartesianas (em Bohr). O argumento opcional
é o nome do arquivo de entrada de geometria, cujo padrão é geom.dat.
-qchem [nome do arquivo]
Leia a entrada em um formato de saída QCHEM, com cada linha consistindo do átomo
número, o símbolo atômico e as coordenadas cartesianas (em Angstroms). O opcional
argumento é o nome do arquivo de entrada de geometria, cujo padrão é geom.dat.
-xyz [nome do arquivo]
Leia a entrada em um formato de saída XYZ. A primeira linha contém o número de
átomos e a segunda linha é uma linha de comentário. Cada linha subsequente contém o
símbolo atômico e coordenadas cartesianas XY e Z (em Angstroms). O opcional
argumento é o nome do arquivo de entrada de geometria, cujo padrão é geom.dat.
-ops Imprimir ângulos fora do plano, onde o ângulo abcd é definido como o ângulo formado
pelo vetor ad e o plano definido pelos átomos b, c e d.
DO_OOP = booleano
Igual ao switch de linha de comando -oop descrito acima.
ISOTOPOS = matriz of reais / strings
Usado para especificar as massas a serem usadas no cálculo do centro de massa e
constantes rotacionais. Uma matriz é fornecida para cada isotopômero a ser calculado.
As matrizes podem misturar números de ponto flutuante com strings que designam isótopos.
Se este array não for fornecido e file11.dat estiver presente, então as massas serão
obtido pela conversão dos números atômicos no arquivo11. Se as massas não são dadas por
ISOTOPES ou por arquivo11, então nenhuma quantidade relacionada à massa será calculada.
-g [nome do arquivo]
Leia as coordenadas cartesianas de um arquivo diferente de file11.dat. Se um nome de arquivo não for
dado, o padrão é geom.dat. O arquivo alternativo é considerado em um formato
semelhante ao do geom.dat do PSI. Uma vez que esses arquivos não contêm números atômicos,
os momentos de inércia e constantes rotacionais não são calculados se esta opção
é usado.
READ_GEOM = booleano
Esta opção em input.dat diz geometria para ler a geometria de geom.dat no PSI
formato geom.dat.
-a Parâmetros de impressão para todas as distâncias de pares.
PRINT_ALL_DIST = booleano
O mesmo que -a sinalizador descrito acima.
-d distância
Imprimir apenas parâmetros envolvendo pares de átomos menores que distância Bohr
separados (o valor padrão é 4.0 bohr).
PRINT_DISTANCE = valor
Igual ao sinalizador -d descrito acima.
-angstrom
As coordenadas de entrada estão em angstroms, não em bohr.
Angstrom = booleano
If VERDADEIRO, as coordenadas de entrada estão em angstroms em vez de bohr. O padrão é
FALSE.
O exemplo a seguir é para calcular as informações geométricas para água com
vários isótopos diferentes. A geometria é lida de geom.dat em vez de
arquivo11.dat.
geom: (
read_geom = verdadeiro
isótopos = (
(OHH)
(ÍMPAR)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 Junho, 1998 geometria(1)
Use geom online usando serviços onworks.net
