Este é o comando gff2ps que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
gff2ps - Produz saída gráfica PostScript de arquivos GFF.
SINOPSE
gff2ps [opções] - gff_files
DESCRIÇÃO
Este programa desenha DotPlots preenchidos com cores de arquivos com campos de dados formatados em GFF. o
programa toma como entrada os recursos anotados em uma sequência genômica no formato GFF, e
produz uma saída visual em PostScript.
OPÇÕES
-h Mostra o resumo das opções.
-H
Mostra apenas ajuda para a opção especificada.
-V Modo detalhado, um relatório completo é enviado para erro padrão (o padrão envia apenas
Avisos).
-v Modo silencioso: Desative todos os avisos, nenhuma mensagem enviada para o erro padrão.
-d Grave (ou reescreva, se houver) arquivo personalizado padrão.
-D
Crie um novo arquivo personalizado padrão com o nome de arquivo fornecido.
-C
Carregue o arquivo personalizado fornecido e anexe ao arquivo personalizado padrão (.gff2psrc).
-s
Útil para modificar o tamanho da página (o padrão é a4).
-p Muda a orientação da página para Retrato (o padrão é Paisagem).
-G
Define a cor para FOREGROUND (o padrão é preto).
-g
Define a cor do FUNDO (o padrão é branco).
-P <#> Define quantas páginas são necessárias para dividir sua saída (o padrão é uma).
-S <#> Aplique zoom no primeiro nucleotídeo (o padrão é a origem da sequência).
-E <#> Amplia o último nucleotídeo (o padrão é o comprimento da sequência).
-B <#> Define blocos por página (o padrão é um).
-N <#> Define nucleotídeos por linha (o padrão é a maior posição de sequência da entrada gff-
arquivos).
-b Bloqueia da esquerda para a direita e de cima para baixo (o padrão é de cima para baixo primeiro).
-L Desative o cabeçalho (área do título).
-T
Definindo o título (o padrão é o nome do arquivo gff de entrada).
-t
Definindo subtítulo (o padrão é nenhum).
-l Não mostra a numeração das páginas.
-O Não mostra data.
-o Não mostra a hora.
-M <#> Número de marcas principais por linha (padrão 10).
-K <#> As principais marcas de escala em nucleotídeos, o padrão é o comprimento de nucleotídeos para as linhas
dividido pelo número das marcas de seleção principais (consulte a opção -T).
-m <#> Número de marcas secundárias entre as marcas principais (padrão 10).
-k <#> Escala de marcas menores no padrão de nucleotídeos é o tamanho das marcas maiores dividido por
número de marcas menores (veja a opção -t).
-C, -f Desative a exibição de elementos forward-strand (Watson).
-c, -r Desative a exibição de elementos de fita reversa (Crick).
-i Desative a exibição de elementos independentes de fios.
-0
Define a cor para o quadro "0" (o padrão é azul).
-1 Define a cor para o quadro "1" (o padrão é vermelho).
-2 Define a cor para o quadro "2" (o padrão é verde).
-3 Define a cor da moldura "." (o padrão é laranja).
-n Desative os rótulos das posições dos elementos.
-a Desative a linha CopyRight no gráfico.
MEIO AMBIENTE VARIÁVEIS
Existem três variáveis ambientais que podem ser definidas pelos usuários de acordo com suas preferências:
+ Você pode especificar o caminho onde GFF2PS pode encontrar os arquivos padrão com o shell
variável "GFF2PS_CFDIR". O valor padrão é o caminho onde você está executando o GFF2PS.
+ Você também pode definir o nome de arquivo personalizado padrão que você vai gostar com a variável
"GFF2PS_CUSTOMFILE", o nome de arquivo padrão do programa para o arquivo personalizado é ".gff2psrc".
+ GFF2PS precisa escrever alguns arquivos temporários em um diretório com permissões para o atual
usuário para ler e escrever. O caminho do diretório temporário padrão é definido como "/ tmp /" mas você pode
atribua um caminho de diretório temporário diferente usando a variável "GFF2PS_TMP".
Definindo esses vars em Bourne-shell (bash):
export GFF2PS_CFDIR = "caminho"
export GFF2PS_CUSTOMFILE = "file_name"
export GFF2PS_TMP = "caminho"
Usando um C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "caminho"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "caminho"
COMENTÁRIOS
* As cores definidas são:
Cores básicas: preto e branco
Cores variáveis: cinza magenta violeta azul celeste ciano verde marinho verde limão verde amarelo
laranja vermelho marrom
Você pode obter cinco tons de cores de Variable Colors com "muito escuro", "escuro", "claro" e
prefixos "verylight". Um exemplo: muito escuro verde escuro verde marinho verde claro verde marinho
muito claro verde
* Os tamanhos de página definidos são:
De A0 a A10, de B0 a B10, 10x14, executivo, fólio, razão, legal, carta, quarto,
declaração e tablóide.
Use gff2ps online usando serviços onworks.net
