Este é o comando glam2 que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
glam2 - Alinhamento local de motivos com lacunas
SINOPSE
glamour2 [opções] alfabeto meu_seqs.fa
Um alfabeto diferente de p or n é interpretado como o nome de um arquivo alfabético.
DESCRIÇÃO
GLAM2 é um pacote de software para encontrar motivos em sequências, normalmente aminoácidos ou
sequências de nucleotídeos. Um motivo é um padrão de sequência recorrente: exemplos típicos são os
Caixa TATA e o motivo de prenilação CAAX. A principal inovação do GLAM2 é que ele permite
inserções e deleções em motivos.
OPÇÕES (PREDEFINIÇÃO DEFINIÇÕES)
-h
Mostra todas as opções e suas configurações padrão.
-o
Arquivo de saída (stdout).
-r
Número de corridas de alinhamento (10).
-n
Termine cada execução após tantas iterações sem melhorias (10000).
-2
Examine as duas vertentes - complemento para a frente e para trás.
-z
Número mínimo de sequências no alinhamento (2).
-a
Número mínimo de colunas alinhadas (2).
-b
Número máximo de colunas alinhadas (50).
-w
Número inicial de colunas alinhadas (20).
-d
Arquivo de mistura de Dirichlet.
-D
Pseudocontagem de exclusão (0.1).
-E
Pseudocontagem sem exclusão (2.0).
-I
Pseudoconta de inserção (0.02).
-J
Pseudoconta sem inserção (1.0).
-q
Peso para abundância de resíduo genérico versus específico de conjunto de sequência (1e + 99).
-t
Temperatura inicial (1.2).
-c
Fator de resfriamento por n iterações (1.44).
-u
Limite inferior de temperatura (0.1).
-p
Imprima informações de progresso em cada iteração.
-m
Movimentos de amostragem de coluna por movimento de amostragem de local (1.0).
-x
Algoritmo de amostragem de site: 0= RÁPIDO 1= SLOW 2= FFT (0).
-s
Semente para números pseudo-aleatórios (1).
Use glam2 online usando serviços onworks.net
