gmx-covar - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-covar - Calcula e diagonaliza a matriz de covariância

SINOPSE

gmx covar [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-do [<.gro / .g96 / ...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-você ] [-xvg ] [- [não] caber]
[- [não] ref] [- [não] mwa] [-último ] [- [não] pbc]

DESCRIÇÃO

gmx covar calcula e diagonaliza a matriz de covariância (ponderada em massa). Tudo
as estruturas são ajustadas à estrutura no arquivo de estrutura. Quando isso não é uma corrida
a periodicidade do arquivo de entrada não será levada em consideração. Quando o ajuste e os grupos de análise
são idênticos e a análise não é ponderada em massa, o ajuste também não será
ponderado em massa.

Os autovetores são gravados em um arquivo de trajetória (-v) Quando os mesmos átomos são usados ​​para
o ajuste e a análise de covariância, a estrutura de referência para o ajuste é escrita primeiro
com t = -1. A média (ou referência quando -ref é usado) a estrutura é escrita com t = 0,
os vetores próprios são escritos como quadros com o número do vetor próprio como carimbo de data / hora.

Os autovetores podem ser analisados ​​com gmx anaeig.

Opção -ascii grava toda a matriz de covariância em um arquivo ASCII. A ordem do
os elementos são: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Opção -xpm escreve toda a matriz de covariância para um .xpm arquivo.

Opção -xpma escreve a matriz de covariância atômica para um .xpm arquivo, ou seja, para cada par de átomos
a soma das covariâncias xx, yy e zz é escrita.

Observe que a diagonalização de uma matriz requer memória e tempo que aumentará em
pelo menos tão rápido quanto o quadrado do número de átomos envolvidos. É fácil ficar sem
memória, caso em que esta ferramenta provavelmente sairá com uma 'Falha de segmentação'. Você deve
considere cuidadosamente se um conjunto reduzido de átomos atenderá às suas necessidades de custos mais baixos.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trajetória de precisão total: tr CPT tng

-do [<.gro / .g96 / ...>] (média.pdb)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
Arquivo de log

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Opcional)
Arquivo de dados genéricos

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

- [não] caber (sim)
Ajustar a uma estrutura de referência

- [não] ref (no)
Use o desvio da conformação no arquivo de estrutura em vez do
média

- [não] mwa (no)
Análise de covariância ponderada por massa

-último (-1)
Último vetor próprio a escrever (-1 é até o último)

- [não] pbc (sim)
Aplicar correções para condições de limite periódicas

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