gmx_d - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx - pacote de simulação de dinâmica molecular

SINOPSE

gmx [- [não] h] [- [não] quieto] [- [sem] versão] [- [sem] direitos autorais] [-legais ]
[- [sem] backup]

DESCRIÇÃO

GROMACS é um conjunto completo de programas para realizar simulações de dinâmica molecular,
ou seja, para simular o comportamento de sistemas com centenas a milhões de partículas usando
Equações de movimento newtonianas. É usado principalmente para pesquisas sobre proteínas, lipídios e
polímeros, mas podem ser aplicados a uma ampla variedade de pesquisas químicas e biológicas
perguntas.

OPÇÕES

Outras opções:

- [não] h (no)
Imprimir ajuda e sair

- [não] quieto (no)
Não imprima informações de inicialização comuns ou citações

- [sem] versão (no)
Imprima as informações da versão estendida e saia

- [sem] direitos autorais (sim)
Imprimir informações de direitos autorais na inicialização

-legais (19)
Defina o nível de nicho (o padrão depende do comando)

- [sem] backup (sim)
Grave backups se houver arquivos de saída

GMX COMANDOS

Os seguintes comandos estão disponíveis. Por favor, consulte suas páginas de manual individuais ou gmx
ajudar para mais detalhes.

Trajetória análise
gmx-gang(1)
Calcular ângulos

distância gmx(1)
Calcular distâncias entre pares de posições

volume livre gmx(1)
Calcular o volume livre

gmx-pairdist(1)
Calcular distâncias de pares entre grupos de posições

gmx-rdf(1)
Calcular funções de distribuição radial

gmx-sasa(1)
Calcular a área de superfície acessível ao solvente

seleção gmx(1)
Imprimir informações gerais sobre as seleções

Gerando topologias e coordenadas
gmx-editconf(1)
Edite a caixa e escreva subgrupos

gmx-x2top(1)
Gere uma topologia primitiva de coordenadas

gmx-solvato(1)
Resolva um sistema

moléculas de inserção de gmx(1)
Insira moléculas em vagas existentes

gmx-genconf(1)
Multiplique uma conformação em orientações 'aleatórias'

gmx-genion(1)
Gerar íons monoatômicos em posições energeticamente favoráveis

gmx-genrestr(1)
Gerar restrições de posição ou restrições de distância para grupos de índice

gmx-pdb2gmx(1)
Converta arquivos de coordenadas para topologia e arquivos de coordenadas compatíveis com FF

Corrida a simulação
gmx-grompp(1)
Faça um arquivo de entrada de execução

gmx-mdrun(1)
Execute uma simulação, faça uma análise de modo normal ou uma minimização de energia

gmx-convert-tpr(1)
Faça um arquivo de entrada de execução modificado

Vendo trajetórias
gmx-nmtraj(1)
Gere uma trajetória oscilante virtual a partir de um autovetor

visualização gmx(1)
Veja uma trajetória em um terminal X-Windows

Tratamento energias
gmx-enemat(1)
Extraia uma matriz de energia de um arquivo de energia

energia gmx(1)
Grava energias em arquivos xvg e exibe as médias

gmx-mdrun(1)
(Re) calcular energias para quadros de trajetória com -rerun

Convertendo arquivos
gmx-editconf(1)
Converter e manipular arquivos de estrutura

gmx-eneconv(1)
Converter arquivos de energia

gmx-sigps(1)
Converter combinações c6 / 12 ou c6 / cn de e para sigma / epsilon

gmx-trjcat(1)
Arquivos de trajetória concatenados

gmx-trjconv(1)
Converter e manipular arquivos de trajetória

gmx-xpm2ps(1)
Converter matrizes XPM (XPixelMap) em postscript ou XPM

Ferramentas
gmx-analise(1)
Analisar conjuntos de dados

gmx-dyndom(1)
Interpolar e extrapolar rotações de estrutura

filtro gmx(1)
Trajetórias de filtro de frequência, úteis para fazer filmes suaves

gmx-mentira(1)
Estimar a energia livre de combinações lineares

gmx-morfo(1)
Interpolar linearmente entre as conformações

gmx-pme_error(1)
Estimar o erro de usar PME com um determinado arquivo de entrada

gmx-sham(1)
Calcule energias livres ou outros histogramas de histogramas

gmx-espacial(1)
Calcule a função de distribuição espacial

gmx-traj(1)
Plotar x, v, f, caixa, temperatura e energia rotacional das trajetórias

gmx-tune_pme(1)
Tempo mdrun em função das classificações PME para otimizar as configurações

gmx-wham(1)
Execute a análise de histograma ponderada após a amostragem guarda-chuva

verificação gmx(1)
Verifique e compare os arquivos

gmx-dump(1)
Tornar os arquivos binários legíveis por humanos

gmx-make_ndx(1)
Faça arquivos de índice

gmx-mk_angndx(1)
Gerar arquivos de índice para 'ângulo gmx'

gmx-trjorder(1)
Ordene as moléculas de acordo com sua distância a um grupo

gmx-xpm2ps(1)
Converter matrizes XPM (XPixelMap) em postscript ou XPM

distâncias entre estruturas
cluster gmx(1)
Estruturas de cluster

gmx-confirma(1)
Encaixa duas estruturas e calcula o RMSD

gmx-rms(1)
Calcular RMSDs com uma estrutura de referência e matrizes RMSD

gmx-rmsf(1)
Calcular flutuações atômicas

distâncias in estruturas Acima de tempo
gmx-mindista(1)
Calcule a distância mínima entre dois grupos

gmx-mdmat(1)
Calcular mapas de contato de resíduos

gmx-polistat(1)
Calcule propriedades estáticas de polímeros

gmx-rmsdist(1)
Calcular distâncias de pares de átomos em média com potência -2, -3 ou -6

Massa distribuição Propriedades Acima de tempo
gmx-girate(1)
Calcule o raio de rotação

gmx-msd(1)
Calcula os deslocamentos quadrados médios

gmx-polistat(1)
Calcule propriedades estáticas de polímeros

gmx-rdf(1)
Calcular funções de distribuição radial

gmx-rotacf(1)
Calcule a função de correlação rotacional para moléculas

gmx-rotmat(1)
Trace a matriz de rotação para ajustar a uma estrutura de referência

gmx-sans(1)
Calcular espectros de espalhamento de nêutrons de pequeno ângulo

gmx-sax(1)
Calcular espectros de espalhamento de raios-X de pequeno ângulo

gmx-traj(1)
Plotar x, v, f, caixa, temperatura e energia rotacional das trajetórias

gmx-vanhove(1)
Calcule funções de deslocamento e correlação de Van Hove

Analisando ligado interações
ângulo gmx(1)
Calcular distribuições e correlações para ângulos e diedros

gmx-mk_angndx(1)
Gerar arquivos de índice para 'ângulo gmx'

Estrutural Propriedades
gmx-anadock(1)
Estruturas de cluster de execuções de Autodock

pacote gmx(1)
Analisar feixes de eixos, por exemplo, hélices

gmx-clustsize(1)
Calcular distribuições de tamanho de aglomerados atômicos

gmx-disre(1)
Analise as restrições de distância

gmx-hbond(1)
Calcular e analisar ligações de hidrogênio

ordem gmx(1)
Calcule o parâmetro de ordem por átomo para caudas de carbono

gmx-principal(1)
Calcule os eixos principais de inércia para um grupo de átomos

gmx-rdf(1)
Calcular funções de distribuição radial

gmx-saltbr(1)
Calcular pontes de sal

gmx-soriente(1)
Analisar a orientação do solvente em torno dos solutos

gmx-spol(1)
Analisar a orientação do dipolo do solvente e a polarização em torno dos solutos

Cinético Propriedades
barra gmx(1)
Calcule as estimativas de diferença de energia livre por meio da taxa de aceitação de Bennett

gmx-atual(1)
Calcular constantes dielétricas e função de autocorrelação atual

gmx-dos(1)
Analise a densidade de estados e propriedades com base nisso

gmx-dyecoupl(1)
Extraia a dinâmica do corante de trajetórias

gmx-principal(1)
Calcule os eixos principais de inércia para um grupo de átomos

gmx-tcaf(1)
Calcular viscosidades de líquidos

gmx-traj(1)
Plotar x, v, f, caixa, temperatura e energia rotacional das trajetórias

gmx-vanhove(1)
Calcule funções de deslocamento e correlação de Van Hove

gmx-velacc(1)
Calcule funções de autocorrelação de velocidade

Eletrostática Propriedades
gmx-atual(1)
Calcular constantes dielétricas e função de autocorrelação atual

gmx-dielétrico(1)
Calcular constantes dielétricas dependentes de frequência

gmx-dipolos(1)
Calcule o dipolo total mais as flutuações

potencial gmx(1)
Calcule o potencial eletrostático através da caixa

gmx-spol(1)
Analisar a orientação do dipolo do solvente e a polarização em torno dos solutos

gmx-genion(1)
Gerar íons monoatômicos em posições energeticamente favoráveis

Específico de proteína análise
gmx-do_dssp(1)
Atribua a estrutura secundária e calcule a área de superfície acessível ao solvente

gmx-chi(1)
Calcule tudo o que você quer saber sobre chi e outros diedros

gmx-hélice(1)
Calcule propriedades básicas de alfa hélices

gmx-helixoriente(1)
Calcule inclinação / curvatura / rotação / orientação local dentro das hélices

gmx-rama(1)
Calcular gráficos de Ramachandran

roda gmx(1)
Plotar rodas helicoidais

Interfaces
pacote gmx(1)
Analisar feixes de eixos, por exemplo, hélices

densidade gmx(1)
Calcule a densidade do sistema

gmx-densmap(1)
Calcular mapas de densidade 2D planar ou axial-radial

ordem de densidade gmx(1)
Calcular flutuações de superfície

gmx-h2order(1)
Calcule a orientação das moléculas de água

gmx-hidordem(1)
Calcula os parâmetros de tetraedricidade em torno de um determinado átomo

ordem gmx(1)
Calcule o parâmetro de ordem por átomo para caudas de carbono

potencial gmx(1)
Calcule o potencial eletrostático através da caixa

Covariância análise
gmx-anaeig(1)
Analise os vetores próprios

gmx-covar(1)
Calcule e diagonalize a matriz de covariância

gmx-make_edi(1)
Gere arquivos de entrada para amostragem dinâmica essencial

Normal modos
gmx-anaeig(1)
Analise os modos normais

gmx-nmeig(1)
Diagonalize o Hessian para análise de modo normal

gmx-nmtraj(1)
Gere uma trajetória oscilante virtual a partir de um autovetor

gmx-nmens(1)
Gere um conjunto de estruturas a partir dos modos normais

gmx-grompp(1)
Faça um arquivo de entrada de execução

gmx-mdrun(1)
Encontre um mínimo de energia potencial e calcule o Hessian

DIREITOS AUTORAIS

2015, equipe de desenvolvimento GROMACS

Use gmx_d online usando serviços onworks.net