densidade gmx - online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

densidade gmx - calcula a densidade do sistema

SINOPSE

densidade gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ovo [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[agora] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-tocas ] [-ng ] [- [no] centro]
[- [não] sim] [- [não] parente]

DESCRIÇÃO

gmx densidade calcula densidades parciais na caixa, usando um arquivo de índice.

Para a densidade total de simulações NPT, use gmx energia ao invés.

Opção -Centro executa o binning do histograma em relação ao centro de um
grupo, em coordenadas de caixa absolutas. Se você está calculando perfis ao longo da caixa do eixo Z
dimensão bZ, a saída seria de -bZ / 2 a bZ / 2 se você centralizar com base em todo o sistema.
Observe que esse comportamento mudou no GROMACS 5.0; versões anteriores apenas realizaram um
binning estático em (0, bZ) e mudou a saída. Agora calculamos o centro de cada quadro
e bin em (-bZ / 2, bZ / 2).

Opção -sim simetriza a saída em torno do centro. Isso vai ligar automaticamente
-Centro também. Opção -relativo executa o binning em caixa relativa em vez de absoluta
coordena e dimensiona a saída final com a dimensão média da caixa ao longo da saída
eixo. Isso pode ser usado em combinação com -Centro.

As densidades estão em kg / m ^ 3, e as densidades numéricas ou densidades de elétrons também podem ser
calculado. Para densidades de elétrons, um arquivo que descreve o número de elétrons para cada
tipo de átomo deve ser fornecido usando -ovo. Deve ser semelhante a:

2
nome do átomo = nrelétrons
nome do átomo = nrelétrons

A primeira linha contém o número de linhas a serem lidas do arquivo. Deveria haver um
linha para cada nome de átomo exclusivo em seu sistema. O número de elétrons para cada átomo é
modificado por sua carga atômica parcial.

CONSIDERAÇÕES IMPORTANTES PARA BILAYERS

Um dos cenários de uso mais comuns é calcular a densidade de vários grupos
através de uma bicamada lipídica, normalmente com o eixo z sendo a direção normal. Como diminutivo
simulações, sistemas pequenos e tamanhos de caixa fixa isso funcionará bem, mas para mais
bicamadas lipídicas de caso geral podem ser complicadas. O primeiro problema que enquanto ambos
proteínas e lipídios têm compressibilidade de baixo volume, lipídios têm área bastante elevada
compressibilidade. Isso significa que a forma da caixa (espessura e área / lipídio) irá flutuar
substancialmente mesmo para um sistema totalmente relaxado. Uma vez que GROMACS coloca a caixa entre os
origem e coordenadas positivas, isto por sua vez significa que uma bicamada centrada na caixa
irá se mover um pouco para cima / para baixo devido a essas flutuações e manchará seu perfil. O mais fácil
maneira de corrigir isso (se você quiser o acoplamento de pressão) é usar o -Centro opção que
calcula o perfil de densidade em relação ao centro da caixa. Observe que você pode
ainda centralizado na parte da bicamada, mesmo se você tiver um sistema não simétrico complexo com um
bicamada e, digamos, proteínas de membrana - então nossa saída simplesmente terá mais valores em uma
lado da referência de origem (centro).

Mesmo o cálculo centralizado levará a alguma mancha nos perfis de saída, como
os próprios lipídios são comprimidos e expandidos. Na maioria dos casos, você provavelmente quer isso (uma vez que
corresponde a experimentos macroscópicos), mas se você quiser olhar para os detalhes moleculares
você pode usar o -relativo opção de tentar remover ainda mais os efeitos do volume
Flutuações.

Finalmente, grandes bicamadas que não estão sujeitas a uma tensão superficial exibirão ondulação
flutuações, onde há 'ondas' se formando no sistema. Isso é fundamental
propriedade do sistema biológico, e se você está comparando com experimentos, você provavelmente
deseja incluir o efeito de mancha de ondulação.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-ovo [<.dat>] (elétrons.dat) (Opcional)
Arquivo de dados genéricos

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (densidade.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-d (Z)
Faça o normal na membrana na direção X, Y ou Z.

-sl (50)
Divida a caixa neste número de fatias.

-tocas (massa)
Densidade: massa, número, carga, elétron

-ng (1)
Número de grupos para calcular as densidades.

- [no] centro (no)
Execute o binning em relação ao centro da caixa (alteração). Útil para
bicamadas.

- [não] sim (no)
Simetrize a densidade ao longo do eixo, em relação ao centro. Útil para
bicamadas.

- [não] parente (no)
Use coordenadas relativas para alterar as caixas e dimensionar a saída por dimensões médias.

CONHECIDO QUESTÕES

· Ao calcular densidades de elétrons, nomes de átomos são usados ​​em vez de tipos. Isto é mau.

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