Este é o comando gmx-densorder que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-densorder - Calcula flutuações de superfície
SINOPSE
gmx denso [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Ou [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Espectro [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[agora] [- [no] 1d] [-bw ]
[-bwn ] [-pedido ] [-eixo ]
[-método ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nível ]
DESCRIÇÃO
gmx denso reduz uma distribuição de densidade de duas fases ao longo de um eixo, calculada sobre um MD
trajetória, para superfícies 2D flutuando no tempo, por um ajuste a um perfil funcional para
densidades interfaciais. Uma representação espacial com média de tempo das interfaces pode ser
saída com a opção -tavg.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.dat>] (Densidade4D.dat) (Opcional)
Arquivo de dados genéricos
Ou [<.out> [...]] (olá. fora) (Opcional)
Arquivo de saída genérico
-og [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap
-Espectro [<.out> [...]] (intfspect.out) (Opcional)
Arquivo de saída genérico
Outras opções:
-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória
-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória
-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)
-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos
- [no] 1d (no)
Geometria da interface Pseudo-1d
-bw (0.2)
Largura bin da distribuição de densidade tangencial à interface
-bwn (0.05)
Largura bin de distribuição de densidade normal para interface
-pedido (0)
Ordem do filtro gaussiano, ordem 0 equivale a NÃO filtragem
-eixo (Z)
Direção do eixo - X, Y ou Z
-método (bisectar)
Método de localização de interface: bisect, funcional
-d1 (0)
Fase 1 de densidade aparente (em z pequeno)
-d2 (1000)
Fase de densidade aparente 2 (z grande)
-tblock (100)
Número de frames em uma média de bloco de tempo
-nível (100)
Número de níveis de altura em 2D - XPixMaps
Use gmx-densorder on-line usando serviços onworks.net
