Este é o comando gmx-make_ndx que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-make_ndx - Faça arquivos de índice
SINOPSE
gmx make_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natos ] [- [não] gêmeo]
DESCRIÇÃO
Os grupos de índice são necessários para quase todos os programas GROMACS. Todos esses programas podem
gerar grupos de índice padrão. Você SÓ tem que usar gmx make_ndx quando você precisa de ESPECIAL
grupos de índice. Há um grupo de índice padrão para todo o sistema, 9 grupos de índice padrão
para proteínas, e um grupo de índice padrão é gerado para todos os outros nomes de resíduos.
Quando nenhum arquivo de índice é fornecido, também gmx make_ndx irá gerar os grupos padrão. Com
o editor de índice você pode selecionar os nomes e números de átomos, resíduos e cadeias. Quando uma corrida
arquivo de entrada é fornecido, você também pode selecionar o tipo de átomo. Você pode usar NOT, AND e OR, você
pode dividir grupos em cadeias, resíduos ou átomos. Você pode excluir e renomear grupos.
A numeração do átomo no editor e o arquivo de índice começam em 1.
A -gêmeo switch duplica todos os grupos de índice com um deslocamento de -natos, o que é útil
para configurações de membrana de camada dupla de eletrofisiologia computacional.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro) (Opcional)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp tpr
-n [<.ndx> [...]] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.ndx>] (índice.ndx)
Arquivo de índice
Outras opções:
-natos (0)
definir o número de átomos (padrão: ler da coordenada ou arquivo de índice)
- [não] gêmeo (no)
Duplique todos os grupos de índice com um deslocamento de -natoms
Use gmx-make_ndx online usando serviços onworks.net
