gmx-pdb2gmx - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-pdb2gmx - Converte arquivos de coordenadas para topologia e arquivos de coordenadas compatíveis com FF

SINOPSE

gmx pdb2gmx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-p [<.top>]]
[-i [<.itp>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.gro / .g96 / ...>]]
[-chainsep ] [-mesclar ] [-ff ]
[-água ] [- [não] inter] [- [não] ss] [- [não] ter]
[- [não] lys] [- [não] arg] [- [não] asp] [- [não] glu] [- [não] gln]
[- [não] dele] [-ângulo ] [-dist ] [- [não] uma]
[- [não] ignh] [- [não] faltando] [- [não] v] [-posrefc ]
[-vsite ] [- [não] pesado] [- [não] deuterado]
[- [não] chargegrp] [- [no] cmap] [- [não] renum] [- [não] rtpres]

DESCRIÇÃO

gmx pdb2gmx lê um .pdb (ou .gro) arquivo, lê alguns arquivos de banco de dados, adiciona hidrogênios ao
moléculas e gera coordenadas em GROMACS (GROMOS), ou opcionalmente .pdb, formato e um
topologia em formato GROMACS. Esses arquivos podem ser posteriormente processados ​​para gerar uma execução
Arquivo de entrada.

gmx pdb2gmx irá procurar por campos de força procurando por um campo de força.itp arquivo em
subdiretórios .ff do diretório de trabalho atual e da biblioteca GROMACS
diretório conforme inferido a partir do caminho do binário ou do GMXLIB variável de ambiente. Por
padrão, a seleção do campo de força é interativa, mas você pode usar o -ff opção para especificar
em vez disso, um dos nomes abreviados da lista na linha de comando. Nesse caso gmx pdb2gmx
apenas procura o correspondente .ff diretório.

Depois de escolher um campo de força, todos os arquivos serão lidos apenas a partir da força correspondente
diretório de campo. Se você deseja modificar ou adicionar um tipo de resíduo, você pode copiar a força
diretório de campo do diretório da biblioteca GROMACS para o diretório de trabalho atual. Se
você deseja adicionar novos tipos de resíduos de proteína, você precisará modificar resíduostypes.dat no
diretório da biblioteca ou copie todo o diretório da biblioteca para um diretório local e defina o
variável de ambiente GMXLIB ao nome desse diretório. Verifique o Capítulo 5 do manual
para obter mais informações sobre formatos de arquivo.

Note-se que um .pdb arquivo nada mais é do que um formato de arquivo e não precisa necessariamente
contém uma estrutura de proteína. Cada tipo de molécula para a qual há suporte no
banco de dados pode ser convertido. Se não houver suporte no banco de dados, você pode adicioná-lo
você mesmo.

O programa tem inteligência limitada, ele lê uma série de arquivos de banco de dados, que permitem
para fazer ligações especiais (Cys-Cys, Heme-His, etc.), se necessário pode ser feito manualmente.
O programa pode solicitar que o usuário selecione qual tipo de resíduo LYS, ASP, GLU, CYS ou HIS
é desejado. Para Lys, a escolha é entre neutro (dois prótons na NZ) ou protonado (três
prótons, padrão), para Asp e Glu não protonados (padrão) ou protonados, para His o
O próton pode estar em ND1, em NE2 ou em ambos. Por padrão, essas seleções são feitas
automaticamente. Para His, isso é baseado em uma conformação de ligação de hidrogênio ideal.
As ligações de hidrogênio são definidas com base em um critério geométrico simples, especificado pelo máximo
ângulo doador-aceitador de hidrogênio e distância doador-aceitador, que são definidos por -ângulo e
-dist respectivamente.

O estado de protonação dos terminais N e C pode ser escolhido interativamente com o -ter bandeira.
Os terminais padrão são ionizados (NH3 + e COO-), respectivamente. Alguns campos de força suportam
formas zwitteriônicas para cadeias de um resíduo, mas para polipeptídeos essas opções devem
NÃO ser selecionado. Os campos de força AMBER têm formas exclusivas para os resíduos terminais, e
estes são incompatíveis com o -ter mecanismo. Você precisa prefixar seu terminal N ou C
nomes de resíduos com "N" ou "C" respectivamente para usar essas formas, certificando-se de preservar
o formato do arquivo de coordenadas. Alternativamente, use resíduos de terminação nomeados (por exemplo
ACE, NME).

A separação das cadeias não é totalmente trivial, uma vez que a marcação no PDB gerado pelo usuário
arquivos frequentemente variam e às vezes é desejável mesclar entradas em um TER
registro, por exemplo, se você quiser uma ponte de dissulfeto ou restrições de distância entre dois
cadeias de proteínas ou se você tiver um grupo HEME ligado a uma proteína. Em tais casos, múltiplos
cadeias devem estar contidas em um único tipo molecular definição. Para lidar com isso, gmx
pdb2gmx usa duas opções separadas. Primeiro, -chainsep permite que você escolha quando um novo
a cadeia química deve ser iniciada e os terminais adicionados quando aplicável. Isso pode ser feito com base em
a existência de registros TER, quando o ID da cadeia muda, ou combinações de um ou ambos
destes. Você também pode fazer a seleção de forma totalmente interativa. Além disso, há um
-mesclar opção que controla como várias cadeias são mescladas em um tipo molecular, após
adicionando todos os terminais químicos (ou não). Isso pode ser desligado (sem fusão), todos
cadeias não aquáticas podem ser fundidas em uma única molécula, ou a seleção pode ser feita
interativamente.

gmx pdb2gmx também verificará o campo de ocupação do .pdb Arquivo. Se algum dos
as ocupações não são uma, indicando que o átomo não está bem resolvido na estrutura, um
mensagem de aviso é emitida. Quando um .pdb arquivo não se origina de uma estrutura de raios-X
determinação todos os campos de ocupação podem ser zero. De qualquer forma, cabe ao usuário verificar
a exatidão dos dados de entrada (leia o artigo!).

Durante o processamento, os átomos serão reordenados de acordo com as convenções GROMACS. Com -n an
O arquivo de índice pode ser gerado contendo um grupo reordenado da mesma maneira. Isso permite
você deve converter uma trajetória GROMOS e arquivo de coordenadas para GROMOS. Existe uma limitação:
o reordenamento é feito após os hidrogênios serem retirados da entrada e antes de novos
hidrogênios são adicionados. Isso significa que você não deve usar -ignh.

O .gro e .g96 formatos de arquivo não suportam identificadores de cadeia. Portanto, é útil
introduzir um .pdb nome do arquivo no -o opção quando você deseja converter uma multi-cadeia .pdb arquivo.

A opção -vsite remove hidrogênio e movimentos diédricos inadequados rápidos. Angular e
movimentos fora do plano podem ser removidos mudando hidrogênios em sites virtuais e fixando
ângulos, que fixa sua posição em relação aos átomos vizinhos. Além disso, todos os átomos
nos anéis aromáticos dos aminoácidos padrão (ou seja, PHE, TRP, TYR e HIS) podem ser
convertidos em sites virtuais, eliminando as flutuações diédricas impróprias rápidas nestes
argolas. Observação que, neste caso, todos os outros átomos de hidrogênio também são convertidos em
sites. A massa de todos os átomos que são convertidos em sites virtuais, é adicionada ao pesado
átomos.

Além disso, desacelerar o movimento diedro pode ser feito com -pesado feito aumentando o
massa de hidrogênio por um fator de 4. Isso também é feito para hidrogênios de água para desacelerar o
movimento de rotação da água. O aumento da massa dos hidrogênios é subtraído do
átomo ligado (pesado) de forma que a massa total do sistema permaneça a mesma.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (eiwit.pdb)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp tpr

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp

-p [<.top>] (topol.topo)
Arquivo de topologia

-i [<.itp>] (posre.itp)
Incluir arquivo para topologia

-n [<.ndx>] (limpo.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-q [<.gro / .g96 / ...>] (limpo.pdb) (Opcional)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp

Outras opções:

-chainsep (id_ou_ter)
Condição nos arquivos PDB quando uma nova cadeia deve ser iniciada (adicionando termini):
id_or_ter, id_and_ter, ter, id, interativo

-mesclar (no)
Mesclar várias cadeias em um único [tipo molecular]: não, todos, interativo

-ff (selecione)
Campo de força, interativo por padrão. Usar -h para informação.

-água (selecione)
Modelo de água a ser usado: selecionar, nenhum, spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p

- [não] inter (no)
Defina as próximas 8 opções para interativo

- [não] ss (no)
Seleção de ponte SS interativa

- [não] ter (no)
Seleção de terminais interativos, em vez de cobrados (padrão)

- [não] lys (no)
Seleção interativa de lisina, em vez de carregada

- [não] arg (no)
Seleção interativa de arginina, em vez de carregada

- [não] asp (no)
Seleção interativa de ácido aspártico, em vez de carregado

- [não] glu (no)
Seleção interativa de ácido glutâmico, em vez de carregado

- [não] gln (no)
Seleção interativa de glutamina, em vez de neutra

- [não] dele (no)
Seleção interativa de histidina, em vez de verificar ligações H

-ângulo (135).
Ângulo mínimo doador doador de hidrogênio para uma ligação H (graus)

-dist (0.3).
Distância máxima doador-aceitador para uma ligação H (nm)

- [não] uma (no)
Selecione anéis aromáticos com átomos de CH unidos em fenilalanina, triptofano e
tirosina

- [não] ignh (no)
Ignore os átomos de hidrogênio que estão no arquivo de coordenadas

- [não] faltando (no)
Continue quando estiverem faltando átomos, é perigoso

- [não] v (no)
Seja um pouco mais prolixo nas mensagens

-posrefc (1000).
Constante de força para restrições de posição

-vsite (Nenhum)
Converta átomos em sites virtuais: nenhum, hidrogênios, aromáticos

- [não] pesado (no)
Tornar os átomos de hidrogênio pesados

- [não] deuterado (no)
Mude a massa dos hidrogênios para 2 amu

- [não] chargegrp (sim)
Use grupos de cobrança no .rtp lima

- [no] cmap (sim)
Use torções cmap (se habilitado no .rtp Arquivo)

- [não] renum (no)
Renumerar os resíduos consecutivamente na saída

- [não] rtpres (no)
Uso .rtp nomes de entrada como nomes de resíduos

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