gmx-rmsf - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-rmsf - Calcula flutuações atômicas

SINOPSE

gmx rmsf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-boi [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[agora] [-xvg ] [- [sem] res]
[- [não] aniso] [- [não] caber]

DESCRIÇÃO

gmx rmsf calcula a flutuação quadrática média da raiz (RMSF, ou seja, desvio padrão) de
posições atômicas na trajetória (fornecido com -f) após (opcionalmente) o ajuste a um
quadro de referência (fornecido com -s).

com a opção -oq os valores RMSF são convertidos em valores de fator B, que são gravados em um
.pdb arquivo com as coordenadas, do arquivo de estrutura, ou de um .pdb arquivo quando -q is
Especificadas. Opção -boi grava os fatores B em um arquivo com as coordenadas médias.

Com a opção -od a raiz do desvio quadrático médio em relação à estrutura de referência
é calculado.

Com a opção -anis, gmx rmsf irá computar fatores de temperatura anisotrópicos e então
também produzirá coordenadas médias e um .pdb arquivo com registros ANISOU (correspondendo a
que o -oq or -boi opção). Por favor, note que os valores U são dependentes da orientação, então antes
comparação com os dados experimentais, você deve verificar se se ajusta aos dados experimentais
coordenadas.

Quando um .pdb arquivo de entrada é passado para o programa e o -anis bandeira é definida uma correlação
gráfico do Uij será criado, se quaisquer fatores de temperatura anisotrópicos estiverem presentes no
.pdb arquivo.

com a opção -dir a matriz média de MSF (3x3) é diagonalizada. Isso mostra as direções
em que os átomos flutuam mais e menos.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Opcional)
Arquivo de banco de dados de proteínas

Opções para especificar arquivos de saída:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Opcional)
Arquivo de banco de dados de proteínas

-boi [<.pdb>] (xaver.pdb) (Opcional)
Arquivo de banco de dados de proteínas

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-dir [<.log>] (rmsf.log) (Opcional)
Arquivo de log

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

- [sem] res (no)
Calcular médias para cada resíduo

- [não] aniso (no)
Calcular fatores de temperatura anisotrópica

- [não] caber (sim)
Faça uma superposição de mínimos quadrados antes de calcular o RMSF. Sem isso você deve fazer
certifique-se de que a estrutura de referência e a trajetória correspondem.

Use gmx-rmsf online usando serviços onworks.net