Este é o comando gmx-rotacf que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-rotacf - Calcula a função de correlação rotacional para moléculas
SINOPSE
gmx rotacf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[agora] [-xvg ] [-[aceno com a cabeça] [- [não] médio]
[-acflen ] [- [não] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-começar ] [-endfit ]
DESCRIÇÃO
gmx rotacf calcula a função de correlação rotacional para moléculas. Trigêmeos átomos
(i, j, k) deve ser dado no arquivo de índice, definindo dois vetores ij e jk. O rotacional
ACF é calculado como a função de autocorrelação do vetor n = ij x jk, ou seja, o
produto cruzado dos dois vetores. Uma vez que três átomos abrangem um plano, a ordem dos três
átomos não importa. Opcionalmente, invocando o -d switch, você pode calcular o
função de correlação rotacional para moléculas lineares, especificando pares de átomos (i, j) no
arquivo de índice.
EXEMPLOS
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n índice -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -começar 2.5
-endfit 20.0
Isso irá calcular a função de correlação rotacional usando um Legendre de primeira ordem
polinômio do ângulo de um vetor definido pelo arquivo de índice. A função de correlação
será ajustado de 2.5 ps até 20.0 ps para um exponencial de dois parâmetros.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil
-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
arquivo xvgr / xmgr
Outras opções:
-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória
-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória
-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)
-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos
-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum
-[aceno com a cabeça (no)
Use dupletos de índice (vetores) para função de correlação em vez de trigêmeos (planos)
- [não] médio (sim)
Média sobre moléculas
-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros
- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF
-P (0)
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-começar (0)
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação
-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final
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