gmx-rotacf - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-rotacf - Calcula a função de correlação rotacional para moléculas

SINOPSE

gmx rotacf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[agora] [-xvg ] [-[aceno com a cabeça] [- [não] médio]
[-acflen ] [- [não] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx rotacf calcula a função de correlação rotacional para moléculas. Trigêmeos átomos
(i, j, k) deve ser dado no arquivo de índice, definindo dois vetores ij e jk. O rotacional
ACF é calculado como a função de autocorrelação do vetor n = ij x jk, ou seja, o
produto cruzado dos dois vetores. Uma vez que três átomos abrangem um plano, a ordem dos três
átomos não importa. Opcionalmente, invocando o -d switch, você pode calcular o
função de correlação rotacional para moléculas lineares, especificando pares de átomos (i, j) no
arquivo de índice.

EXEMPLOS

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n índice -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -começar 2.5
-endfit 20.0

Isso irá calcular a função de correlação rotacional usando um Legendre de primeira ordem
polinômio do ângulo de um vetor definido pelo arquivo de índice. A função de correlação
será ajustado de 2.5 ps até 20.0 ps para um exponencial de dois parâmetros.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0).
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0).
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0).
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-[aceno com a cabeça (no)
Use dupletos de índice (vetores) para função de correlação em vez de trigêmeos (planos)

- [não] médio (sim)
Média sobre moléculas

-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros

- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF

-P (0).
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-começar (0).
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação

-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final

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