gmx-sham - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-sham - Calcula energias livres ou outros histogramas de histogramas

SINOPSE

gmx farsa [-f [<.xvg>]] [-dar [<.xvg>]] [-eno [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-bin [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[agora] [-xvg ]
[- [sem] tempo] [-b ] [-e ] [-tol ]
[-n ] [-[aceno com a cabeça] [- [não] simulação] [-tsham ]
[-pmin ] [-escuro ] [-grid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nníveis ]

DESCRIÇÃO

gmx farsa, falso faz gráficos multidimensionais de energia livre, entalpia e entropia. gmx farsa, falso lê
um ou mais .xvg arquivos e analisa conjuntos de dados. O propósito básico de gmx farsa, falso é tramar
Paisagens de energia livre de Gibbs (opção -ls) por Bolzmann invertendo multidimensional
histogramas (opção -lp), mas também pode produzir entalpia (opção -lsh) e entropia (opção
-lss) parcelas. Os histogramas podem ser feitos para qualquer quantidade fornecida pelo usuário. Uma linha em
o arquivo de entrada pode começar com uma hora (veja a opção -Tempo) e qualquer número de y-valores podem
Segue. Vários conjuntos também podem ser lidos quando são separados por & (opção -n), nisso
caso apenas um y-valor é lido em cada linha. Todas as linhas que começam com # e @ são
pulado.

Opção -dar pode ser usado para fornecer um arquivo com energias livres quando o conjunto não é um
Conjunto de Boltzmann, mas precisa ser influenciado por essa energia livre. Um valor de energia livre é
necessário para cada ponto de dados (multidimensional) no -f entrada.

Opção -eno pode ser usado para fornecer um arquivo com energias. Essas energias são usadas como um
função de ponderação no método de análise de histograma único de Kumar et al. Quando
temperaturas são fornecidas (como uma segunda coluna no arquivo), uma ponderação experimental
esquema é aplicado. Além disso, os vales são usados ​​para fazer gráficos de entalpia e entropia.

com a opção -escuro, as dimensões podem ser fornecidas para distâncias. Quando a distância é 2 ou
Tridimensional, a circunferência ou superfície amostrada por duas partículas aumenta com
distância crescente. Dependendo do que se gostaria de mostrar, pode-se escolher corrigir
o histograma e a energia livre para este efeito de volume. A probabilidade é normalizada por r
e r ^ 2 para dimensões de 2 e 3, respectivamente. Um valor de -1 é usado para indicar um
ângulo em graus entre dois vetores: uma normalização de sin (ângulo) será aplicada. Note
que para ângulos entre vetores, o produto interno ou cosseno é a quantidade natural para
uso, pois irá produzir caixotes do mesmo volume.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xvg>] (gráfico.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-dar [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-eno [<.xvg>] (esham.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Opções para especificar arquivos de saída:

-dist [<.xvg>] (energ.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bin [<.ndx>] (bindex.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-lsh [<.xpm>] (entalpia.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropia.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Opcional)
Arquivo de banco de dados de proteínas

-g [<.log>] (shamlog.log) (Opcional)
Arquivo de log

Outras opções:

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

- [sem] tempo (sim)
Espere um tempo na entrada

-b (-1)
Primeira leitura do conjunto

-e (-1)
Última vez para ler do set

-tol (0)
Tolerância no tempo em unidades apropriadas (geralmente ps)

-n (1)
Leia este número de conjuntos separados por linhas contendo apenas um "e" comercial

-[aceno com a cabeça (no)
Use a derivada

- [não] simulação (sim)
Desligue a ponderação de energia, mesmo que as energias sejam fornecidas

-tsham (298.15)
Temperatura para análise de histograma único

-pmin (0)
Probabilidade mínima. Qualquer coisa abaixo disso será definido como zero

-escuro (1 1 1)
Dimensões para distâncias, usadas para correção de volume (máx. 3 valores, dimensões> 3
obterá o mesmo valor do último)

-grid (32 32 32)
Número de caixas para paisagens de energia (máx. 3 valores, dimensões> 3 obterão o
mesmo valor do último)

-xmin (0 0 0)
Mínimo para os eixos na paisagem de energia (ver acima para> 3 dimensões)

-xmax (1 1 1)
Máximo para os eixos na paisagem de energia (veja acima para> 3 dimensões)

-pmax (0)
Probabilidade máxima na saída, o padrão é calcular

-gmax (0)
Energia livre máxima na produção, o padrão é calcular

-emin (0)
Entalpia mínima na saída, o padrão é calcular

-emax (0)
Entalpia máxima na saída, o padrão é calcular

-nníveis (25)
Número de níveis para o cenário de energia

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